Seminar 2023/2024

Seminar 2023/2024#

Skupine in termini#

Seminar se izvaja v dveh skupinah:

Skupina	Glavni termin	Dodaten termin	Rok za oddajo
1	2024-05-10 (8.00–11.00)	2024-05-24 (8.00–11.00)	2024-05-27 (do 12.00)
2	2024-05-17 (8.00–11.00)	2024-05-24 (8.00–11.00)	2024-05-27 (do 12.00)

Vsak mora priti na glavni termin, udeležba na dodatnem terminu je opcijska:

glavni termin je namenjen uvodnim navodilom ter začetku reševanja danega problema z namigi izvajalca predmeta (reševanje dokončate doma);
dodaten termin je namenjen reševanju težav, na katere bi naleteli med dokončanjem seminarske naloge – tu bo spet prisoten izvajalec predmeta, ki vam bo po potrebi dal namige za razrešitev težav.

Splošne informacije#

Na seminarju boste reševali enostaven problem, ki je v osnovi za vse enak, razlika je pa v tem da vsak posameznik dobi drugačen vhodni podatek.

Problem in naloga#

Prišli ste v novo službo na raziskovalnem institutu ter tam zasedli delovno mesto predhodnega sodelavca instituta, ki so ga odpustili (med drugim) zaradi neurejenega laboratorijskega dnevnika in posledično nesledljivosti raziskav. Raziskovalna skupina, v katero ste prišli, se sicer ukvarja z metagenomiko, zanimajo jih mikrobni proteini, ki bi lahko bili industrijsko in/ali medicinsko zanimivi. Za vašim sodelavcem je ostal kup neurejenih podatkov, med drugim gre za nukleotidna zaporedja v zamrzovalniku shranjenih plazmidnih konstruktov, osnovanih na klonirnem vektorju pUC57, ki v multipli klonirni regiji vsebujejo fragmente z bolj ali manj popolnimi zapisi za mikrobne proteine.

Vaša naloga je, da identificirate protein, ki je v celoti ali zgolj delno zapisani na vstavljenem fragmentu, ter preko izvedbe različnih bioinformatskih analiz poizkušate ugotoviti čim več karakteristih tega in pa njemu podobnih proteinov. Pri tem analiza izvajate na aminokislinskem zaporedju celotnega proteina, ne zgolj na tistem njegovem fragmentu, ki je zapisan na vključku. Pri tem uporabite orodja, ki ste jih spoznali na vajah pri Biokemijski informatiki (po želji lahko poiščete in uporabite še kakšna druga orodja). Do nekaterih odgovorov morda ne bo moč priti neposredno iz zapisov za vaš protein v različnih zbirkah – v teh primerih si morate pomagati z zapisi za sorodne proteine, zapisi za katere so morda bolje anotirani, na osnovi tega pa lahko sklepate na karakteristike vašega proteina

Rezultati analiz naj bodo najmanj:

ime in izvorni organizem proteina
lokalizacija, topologija (če je membranski)
velikost proteina
domenska zgradba
post-translacijske modifikacije
funkcija proteina (in substrat, če gre za encim)
sorodni proteini (poravnava, filogenetsko drevo)
najbolj in najmanj ohranjene regije, tudi v luči funkcije proteina
podobni evkariontski proteini (če so; če jih ni to demonstrirajte z ustrezno analizo) – organizem, protein, funkcija, …
potencialna funkcijska povezanost z drugimi proteini, morebitne medproteinske interakcije (poglejte tudi pri morebitnih sorodnih evkariontskih proteinih)
struktura oz. model strukture (tudi superpozicija pro- in evkariontskih variant) – eksperimentalno določena struktura, model (pripravite sami, pokomentirajte zanesljivost)
- pri pripravi modela uporabite AlphaFold2 (v obliki ColabFold, kot nad vajah) ali pa nov strežnik AlphaFold3, ki je na voljo od 8. maja 2024 (potrebujete Google račun, omejitev je 10 modelov na dan)
- modele struktur lahko izrišete z MolStar, Chimera ali PyMOL

Rezultate analiz v obliki besedila (rezultati, vaši komentarji/diskusija) zapišite v datoteko formata MarkDown, ki jo opremite s povezavami na spremljajoči slikovni material z rezultati analiz. Vse slike morajo biti iz vaših lastnih analiz!

Če ste na neko karakteristiko proteina zgolj sklepali na osnovi podobnosti z drugimi proteini, to jasno navedite in opišite.

Vhodni podatki#

Za vsako študentko oz. vsakega študenta je pripravljena vhodna datoteka, ki vsebuje zaporedje celotnega plazmidnega konstrukt. Vsak plazmidni konstrukt vsebuje vključek, ki vsebuje celoten ali zgolj delni zapis za največ en mikrobni protein.

skupina	priimek, ime	vhodni podatek
1	Bajec, Lana	S01
1	Ferjančič, Lara	S02
1	Habot, Hanna	S03
1	Hudobivnik, Laura	S04
1	Janc, Nika	S05
1	Jordan Ferbežar, Uma	S06
1	Klinar, Brina	S07
1	Kociper, Debora	S08
1	Kolenc, Klara	S09
1	Kolnik, Dan	S10
1	Kristl, Simon	S11
1	Kunstelj, Karin	S12
1	Majerle, Nina	S13
1	Mohar, Teja	S14
1	Osterc, Igor	S15
1	Perc, Anže	S16
1	Polutnik, Patricija	S17
1	Snedec, Andraž	S18
1	Trobiš, Veronika	S19
1	Varlamov, Mark	S20
1	Veler, Jakob Urh	S21
1	Vogrič, Vanja	S22
1	Matek, Nik	S23
2	Bervar, Amber	S24
2	Boštjančič, Ava	S25
2	Bregar, Jana	S26
2	Cankar, Nina	S27
2	Čarman, Jasna	S28
2	Čerenak, Blaž	S29
2	Dular, Maj	S30
2	Frantar, Mark	S31
2	Gomiršek, Katarina	S32
2	Gričar Vintar, Peter	S33
2	Hvalec, Jan	S34
2	Kosovel, Tina	S35
2	Kozel, Vid	S36
2	Kramar, Zala	S37
2	Lešnik, Tjaša	S38
2	Longar, Špela	S39
2	Makuc, Nika	S40
2	Mulalić, Anita	S41
2	Oman Sušnik, Tonja	S42
2	Pajnhart, Lara	S43
2	Pšeničnik, Tiara	S44
2	Puhov, Špela	S45
2	Robek, Tinkara	S46
2	Škarabot, Anja	S47
2	Trontelj, Domen	S48

Navodila za izdelavo seminarske naloge#

Prenesite datoteko s predlogo (na primer tako desni klik na povezavo -> “Shrani kot…”).
- Če upoštevamo MarkDown oblikovanje bi vsebina predložne datoteke, pretvorjene v html, izgledala tako.
Datoteko preimenujte v s##.md, pri čemer s## predstavlja kodo vašega seminarja, določenega v tabeli z vhodnimi podatki.
Vsebino prenešene datoteke uredite oz. njeno vsebino nadomestite z vašo – za pisanje lahko uporabite običajen program za delo s tekstovnimi datotekami, priporočam pa uporabo kakšnega specializiranega programa, ki omogoča predogled. Primeri: Visual Studio Code ali pa kar JupyterLab, ki ga sicer uporabljamo za delo z datotekami tipa ipynb (IPython Notebook).
- Nekatere dele datoteke morate odstraniti – gre za vrstice, ki se začnejo z znakom >.
- Pri oblikovanju datoteke Markdown si pomagajte z navodili za Markdown sintakso.
- V datoteko vključite tudi reference do relevantnih slik, ki prikazujejo rezultate analiz. POZOR!!! Slike morajo biti poimenovane po ključu s##-opis.png, pri čemer je s## koda vašega seminarja, opis pa kratek opis slike brez šumnikov, presledkov in drugih nenavadnih znakov (samo ASCII črke in številke 0–9 ter znak za minus in podčrtaj (underscore)). Primer: s23-poravnava_zaporedij.png.
- Reference na slike morajo biti vstavljene v Markdown datoteko. Primer reference na sliko: ![poravnava](s23-poravnava_zaporedij.png).
Datoteko Markdown in priložene pravilno poimenovane slike oddate prek posebne povezave v spletni učilnici UL FKKT do roka, navedenega v tabeli s termini.

Poimenovanje datotek

Obvezno se držite navodil za poimenovanje datotek! Prav tako se pred oddajo prepričajte, da boste naložili le eno MarkDown datoteko, vse ostale datoteke (slike) pa bodo ustrezno naslovljene v njej s povezavami.

Oddane naloge#

V tabeli spodaj, ki je le nekoliko razširjena tabela z vhodnimi podatki, so dodane še povezave do oddanih nalog. Vse datoteke, ki so bile duplikati ali celi triplikati (in so posledično zaradi nalaganja pridobile dodatek “ (2)” ali “ (3)” v svojem imenu), sem pobrisal, glavnim MarkDown datotekam pa ime spremenil tako, da je “s” majhen (kot je prikazano v navodilih). Vse ostalo sem pustil pri miru ter stvari naložil na to spletno stran. Prikaz je pač takšen kot je – če ste navodila dosledno upoštevali je prikaz OK, sicer pa ne.

skupina	priimek, ime	vhodni podatek	oddana naloga
1	Bajec, Lana	S01	S01
1	Ferjančič, Lara	S02	S02
1	Habot, Hanna	S03	S03
1	Hudobivnik, Laura	S04	S04
1	Janc, Nika	S05	S05
1	Jordan Ferbežar, Uma	S06	S06
1	Klinar, Brina	S07	S07
1	Kociper, Debora	S08	S08
1	Kolenc, Klara	S09	S09
1	Kolnik, Dan	S10	S10
1	Kristl, Simon	S11	S11
1	Kunstelj, Karin	S12	S12
1	Majerle, Nina	S13	S13
1	Mohar, Teja	S14	S14
1	Osterc, Igor	S15	S15
1	Perc, Anže	S16	S16
1	Polutnik, Patricija	S17	S17
1	Snedec, Andraž	S18	S18
1	Trobiš, Veronika	S19	S19
1	Varlamov, Mark	S20	S20
1	Veler, Jakob Urh	S21	S21
1	Vogrič, Vanja	S22	S22
1	Matek, Nik	S23	S23
2	Bervar, Amber	S24	S24
2	Boštjančič, Ava	S25	S25
2	Bregar, Jana	S26	S26
2	Cankar, Nina	S27	S27
2	Čarman, Jasna	S28	S28
2	Čerenak, Blaž	S29	S29
2	Dular, Maj	S30	S30
2	Frantar, Mark	S31	S31
2	Gomiršek, Katarina	S32	S32
2	Gričar Vintar, Peter	S33	S33
2	Hvalec, Jan	S34	S34
2	Kosovel, Tina	S35	S35
2	Kozel, Vid	S36	S36
2	Kramar, Zala	S37	S37
2	Lešnik, Tjaša	S38	S38
2	Longar, Špela	S39	S39
2	Makuc, Nika	S40	S40
2	Mulalić, Anita	S41	S41
2	Oman Sušnik, Tonja	S42	S42
2	Pajnhart, Lara	S43	S43
2	Pšeničnik, Tiara	S44	S44
2	Puhov, Špela	S45	S45
2	Robek, Tinkara	S46	S46
2	Škarabot, Anja	S47	S47
2	Trontelj, Domen	S48	S48