S33#
Avtor: Peter Gričar Vintar
Datum izdelave: 2024-05-27
Koda seminarja: S33
Vhodni podatek#
Povezava do datoteke z vhodnim podatkom: S33
Rezultati analiz#
Nukleotidno zaporedje vključka#
S pomočjo uporabe progama EMBOSS sem naredil lokalno poravnavo dveh nukleotidnih zaporedij. Za odsek, ki se ni popolnoma ujemal, sem predvidel, da je to moj vključek.
Nukleotidno zaporedje:
TGGTGATGACCCTATTAGGACAGGGCAGCGATGTTTCCAACCTGGTAATCTGGAATATTCGCTTACCCCGGGTGCTGGCTGCTATAATTGCGGGGGCTGGTTTATCGGTGGCCGGTTGTGTGATGCAGAATAATTTACGCAATCCACTGGCTTCTCCTTCGACCATGGGGATATCAAACGCAGCAGCCTTCGGTGCCAATATTGCTATTATTTTCTTGGGTGCAGGAAGCGTTCATTGTAGCGGTGCTGTTTCAGTCATTATTAATAATCCCTATATCGTTACCATATGTGCATTCCTTTGCTCGATGGTGGCTACCATGGTGATCTTATTTTTAGCCCGGCTGCGTAATTTTTCACCGGAGTCTATGGTGTTAGCCGGTGTAGCACTGGGTTCGCTGTTTGCGGCAGGGACGATTCTTATGCAGTATTTTGCTCAGGATATTCAGCTGGCCTCAGTTGTGTTCTGGACCTTTGGTGATGTGAGTCGTGCTTCCTGGACGGAAGTGGTCATTATGGCAGTCGTAATTATGTTGTCAATAATATATTTTTTGATAAAGAGGTGGGATTATAATGCTCTTAACAGCGGGGAAGAAACTGCGTTGGGATTAGGAGTTAATGTCAGGAGAGTACGTCTGACCGGGATGTTTGTTGCCTGTATGATGACAGCCGTTTCAGTATCGTTTCTAGGAATTATTGGTTTTATTGGACTGGTTGCTCCTCATATCATGCGCAGAATTGTTGGCAACGACCATAGATATCTGATTACGGCATCTATGGTGATGGGTGCTTTGCTGCTGCTGGTGTCAGATACCATTGCCAGGACCATTATTTCACCAGTCGTACTGCCGGTAGGAGCGATAACTTCGTTCATGGGGGCACCGTTATTTCTTTATATACTTGCGAGGGGGAATATTAGATCATGATCATGTCGGCCAAGGGATTAAGATTTAAATATTCAAGTCGTTCGGTTCTAAATGGTGTGGATTTTTCGTTGAGAAAAGGAGAGTGTGCTGCAGTACTGGGAACCAATG
Iskanje proteina#
Dobljeno nukleotidno zaporedje sem vstavil v program BLAST. Uporabil sem opcijo blastx, ker je bil moj vhodni podatek nukleotidno zaporedje in sem hotel iskati po bazi z aminokislinskimi zaporedji. Za podatkovno bazo sem izbral metagenomsko zbirko, saj se je raziskovalna skupina ukvarjala s metagenomiko. Rezultat analize, ki je imel najboljše parametre to je E value 0.0 in Per. indentifier 100% je bil iron(iii) dicitrate transport system permease protein [hydrocarbon metagenome]. Aminokislinsko zaporedje sem pridobil iz Genbanka z identifikacijsko šifro pridobljeno v Blastu.
Aminokislinsko zaporedje:
MEMKNIFPGRIKQEQNSYPFHYKKNQFILLSLILLTFIMAVFAINAGSTDLNIHQVVMTLLGQGSDVSNLVIWNIRLPRVLAAIIAGAGLSVAGCVMQNNLRNPLASPSTMGISNAAAFGANIAIIFLGAGSVHCSGAVSVIINNPYIVT ICAFLCSMVATMVILFLARLRNFSPESMVLAGVALGSLFAAGTILMQYFAQDIQLASVVFWTFGDVSRASWTEVVIMAVVIMLSIIYFLIKRWDYNALNSGEETALGLGVNVRRVRLTGMFVACMMTAVSVSFLGIIGFIGLVAPHIMRRIVGNDHRYLITASMVMGALLLLVSDTIARTIISPVVLPVGAITSFMGAPLFLYILARGNIRS
Rezultati iskanja blastx:
To zaporedje sem nato uporabil v programu BLAST, tokrat sem izbral opcijo blastp in izbral podatkovno bazo za non-redundant protein sequences. Protein z najboljšim ujemanjem je bil iron ABC transporter permease [Thermincola sp.]. Protein sem poiskal na Uniprotu.
Aminokislinsko zaporedje: MFKRQGQPDCTTAYQQYKGRKNVIILLLVILTVFLAAFAINAGSTDLNLYQVLITILGQGSSISNVVIWNIRLPRVLAGIIAGTGLSVAGCVMQNNLRNPLASPSTLGIANAAAFGANMAIIVFGAGSVQSANADAVIINNPYMVTVSAFIWSMVAALAVLLLAKFRGFSPEAMILAGVAIGSLFSAGTILIQYFAQDVQVAAVVFWTFGDLGRASWKEVIIMACLIILSIIYFMLRRWDYNALDSGEETAKGLGVNVETVRLGGMFVSSLITAVTVSFLGIIGFIGLVGPQIMRRIIGEDHRFLIPASALMGALLLLVSDTMARTIIAPVVLPVGAITSFLGAPLFLYLLARGHQKR
Rezultati iskanja blastp:
Lastnosti proteina#
Ime in izvorni organizem proteina: Fe(3+) dicitrate transport system permease protein FecD [Thermincola sp.]
Lokalizacija, topologija: Protein je anotiran in se nahaja v notranji membrani celice.
Lokacija in anotacija:
Velikost proteina: 318 aminokislinskih ostankov
Lastnosti proteina:
Domenska zgradba: Ima 9 topoloških domen na mestih 1-2, 24-55, 77-105, 127-137, 159-179, 201-225, 247-269, 291-294 in 316-318. ima tudi 8 transmembranskih regij na mestih 3-23, 56-76, 106-126, 138-158, 180-200, 226-246, 270-290 in 295-315
Prikaz Topoloških domen:
Prikaz Transmembranskih regij: 
Post-translacijske modifikacije: Protein je označen z ID PRO_0000139411 in obsega aminokislinke položaje 1-284. Opisan je kot verjetno 3-merkatnopiruvatna sulfurtransferaza. Oranžna vrstica predstavlja to verigo brez specifičnih PTM-jev, kar pomeni, da jih najverjetneje ni oz. ni specifičnih informacij o njih.
Rezultat iskanja PTM:
Funkcija proteina#
FecD, je del specializiranega transportnega sistema, ki omogoča bakterijam vnos železa v obliki Fe(3+)-dicitrata. Ta protein je ključni sestavni del večkomponentnega sistema, ki vključuje tudi druge proteine, kot so FecA, FecB, FecC, in FecE.
Transmembranski transport:
FecD je transmembranski protein, ki omogoča prehod Fe(3+)-dicitrata skozi notranjo membrano bakterijske celice. Deluje kot permeaza, kar pomeni, da omogoča specifičen in reguliran transport železa v kompleksu z dicitratom preko celične membrane.
Sodelovanje z drugimi proteini:
FecD sodeluje z drugimi komponentami Fec transportnega sistema. FecA deluje kot receptor na zunanji membrani, ki veže Fe(3+)-dicitrat iz zunajceličnega okolja. FecB je periplazemski protein, ki prenaša vezani Fe(3+)-dicitrat od FecA do FecC-FecD kompleksa v notranji membrani. FecE, ATP-aza, zagotavlja energijo za transport s hidrolizo ATP.#
Sorodni proteini#
Sorodne proteine sem poiskal s programom BLASTp. Dobljena zaporedja (prvih 50) sem vnesel v Clustal Omega, kjer se je izvedla poravnava. Zaporedja pa nato predstavil še kot filogenetsko drevo.
Sorodni proteini: 
Poravnava ClustalOmega: 
Filogenetsko drevo: 
Najbolj ohranjene regije#
Izvedel sem 5 iteracij PSI BLAST po bazi non-redundant protein sequences in jih poravnal (multiple alignment). Za boljšo predstavo bi lahko uporabili tudi opcijo prikaza z WebLogo.
Rezultati Cobalt:
Podobni evkarionti#
Uporabila sem blastp, podatkovno bazo Uniprot/Swiss-prot, pod organizem sem vnesel Eucarya in izvedla iskanje. Rezultat je vrnil “No significant similarity found.”
Rezultati iskanja blastp:
Medproteinske interakcije#
Kompleks je sestavljen iz dveh ATP-vezavnih proteinov (FecE), dveh transmembranskih proteinov (FecC in FecD) in solute-vezavnega proteina (FecB)
Predlagani podobni proteini:
Struktura oz. model sturkture#
Napoved strukture sem pridobil z Alfafoldom. Struktura je modre barve (pLDDT>90), kar po barvanju pomeni, da je napovedana struktura zanesljiva.
Rezultati napovedi:
Izvedel sem superpozicijo z najbolj podobnim prokariontskim in evkariontskim proteinom, ki sej jih pridobil s pomočjo PDB. Verige so pobarvane po pLDDT.
Struktura v Molstaru:
