Ctrl+K

S19

S19#

  • Avtor: Veronika Trobiš

  • Datum izdelave: 2024-05-25

  • Koda seminarja: S19

Vhodni podatek#

Povezava do datoteke z vhodnim podatkom: S19

Rezultati analiz#

Kako do proteina?#

Vhodni podatek sem primerjala z zaporedjem klonirnega vektorja pUC57. Zaporedje za pUC57 sem našla na tej internetni strani. Zaporedji sem primerjala z EMBOSS needle in ugotovila katero zaporedje kodira iskani protein. Dobljeno zaporedje sem obdelala z blastn in kot rezultat dobila protein (ang.) putative thioesterase iz metagenoma.

Splošno o proteinu#

Iskani protein je domnevna tioesteraza (ang. putative thioesterase) iz metagenoma. Velikost proteina je 14,6 kDa (s 133 aminokislinskimi ostanki). Na splošno encimi tioesteraze hidrolizirajo tioestrske vezi, njihova funkcija vključuje metabolizem in transport lipidov. Sklepam, da ima tudi dobljeni protein enako funkcijo, saj prihaja iz iste družine encimov. Sestavljen je iz alfa vijačnic in beta ploskev, ki tvorijo HotDog domeno.

Sorodnost s proteini#

Iskanje z BLASTp v bazi PDB je dalo le en zadetek (PDB: 2FUJ). Da bi lahko bolje primerjala sorodnost, sem uporabila BLASTp za iskanje v bazi non-redundant sequence, ki je dalo veliko več zadetkov. poravnava

Te sem poravnala s Clustal Omega in jih predstavila s filogenetskim drevesom v programu Phylo. filogenetsko_drevo Iz strukture filogenetskega drevesa lahko razberemo, da je najbolj soroden protein hotdog domain-containing protein iz organizma Nocardioidaceae bacterium.

Ker so bili vsi zadetki sorodnih proteinov prokariontski, sem želela najti tudi podobne evkariontske proteine. Za iskanje sem uporabila BLASTp in omejila iskanje na evkarionte v PDB, kasneje pa tudi v non-redundand sequence bazi. Rezultati obeh iskanj niso pokazali nobenih evkariontskih homologov. brez_zadetkov

Ohranjenost#

Ohranjenost regij sem analizirala s programom WebLogo, kjer sem primerjala ista zaporedja, kot za filogenetsko drevo. zadetki_blastp Iz spodnjega diagrama sklepam, da sta začetni in končni del proteina najmanj ohranjena, osrednji del pa je najbolj ohranjen. Aktivno mesto encimov tioesteraz se domnevno nahaja na HotDog motivu (osrednja regija), zato je smiselno, da je ta regija najbolje ohranjena. ohranjenost_regij

Struktura in superpozicija#

Model strukture proteina sem pripravila s Swiss-Model programom, ki sem ga primerjala s strukturo, ki sem jo dobila z AlphaFold3 in ugotovila, da sta strukturi enaki. Zanesljivost strukture proti koncema n in c pada, katere lahko vidimo kot rdeče obarvane regije, modro obarvanje pa predstavlja visoko zanesljivost strukture. struktura

Za superpozicijo sem svojo strukturo poravnala s strukturo verige A proteina putative acyl-CoA thioesterase (PDB: 2FUJ), katera je bila pridobljena eksperimentalno. Ta protein je homo-tetramer, a sem za boljšo predstavo izbrala le eno podenoto in jo primerjala s svojim proteinom. Superpozicijo sem naredila v programu MolStar. Z zeleno je obarvan iskani protein, z oranžno pa podenota strukture 2FUJ. Rezultat je pokazal, da sta si strukturi dokaj podobni, v nekaterih regijah prihaja do odmika. Zanimivo je, da sta si strukturi bolj podobni kot zaporedji, iz česar predpostavljam podobnost njunih funkcij. superpozicija

Contents