Ctrl+K

S14

S14#

  • Avtor: Teja Mohar

  • Datum izdelave: 2024-05-22

  • Koda seminarja: S14

Vhodni podatek#

Povezava do datoteke z vhodnim podatkom: S14

Rezultati analiz#

Ime in izvorni organizem proteina#

Zaporedje celotnega plazmidnega konstrukta sem primerjala z zaporedjem plazmida in tako določila del zaporedja, ki predstavlja MCS regijo + vključek. Ta del sem v EMBOSS Needle poravnala z MCS regijo plazmida. Tako sem dobila zaporedje, ki predstavlja le vključek.

MCS_poravnava_1 MCS_poravnava_2

Zaporedje vključka sem vnesla v blastx in iskala po zbirki Metagenomic proteins in tako prišla do iskanega proteina. Ta je predstavljal prvi zadetek, ki je imel 100 % identičnost.

blastx_iskani_protein

Protein se imenuje Beta laktamaza in izvira iz metagenoma.

Velikost proteina#

Vsebuje 373 aminokislinskih ostankov, kar sem prebrala iz zapisa v GenBank. Če pa aminokislinsko zaporedje vstavimo v ProtParm pa izvemo, da je njegova molekulska masa 40025.44.

Funkcija proteina#

Beta laktamaza posreduje odpornost na cefalotin, cefazolin, cefoksitin in večino penicilinov.

Sorodni proteini (poravnava, filogenetsko drevo)#

Aminokislinsko zaporedje mojega proteina sem vstavila v blastp in tako našla sorodne proteine ter jih poravnala v programu Clustal Omega in Cobalt ter izrisala filogenetsko drevo.

sorodni_proteini Clustal_poravnava Cobalt_poravnava filogenetsko_drevo

Na osnovi sorodnih proteinov bi lahko sklepali, da je protein (Beta laktamaz) iz bakterije, natančneje iz rodu Actinomycetes.

Domenska zgradba#

Iz sorodnih proteinov pa lahko sklepamo tudi, da vsebuje serin hidrolazno domeno.

Najbolj ohranjene regije#

Do tega, katere regije so bolj ohranjene sem prišla tako, da sem poravnavo sorodnih proteinov, ki sem jo naredila v programu Cobalt vnesla v program WebLogo.

weblogo

Kjer so enočrkovne oznake aminokislinskih ostankov večje, so ti bolj ohranjeni, kjer pa so manjše, pa so na tistih mestih aminokislinski ostanki manj ohranjeni. Običajno bolj ohranjeni aminokislinski ostanki predstavljajo katalitično mesto.

Podobni evkariontski proteini#

Da sem našla podobne evkariontske proteine sem ponovno iskala s pblast-om a sem pod organizem izbrala Eucaryotae. Dobila sem kar nekaj zadetkov. Večinoma so bili to hipotetični proteini, peptidaze iz gliv.

evkariontski_proteini

Medproteinske interakcije#

Do teh sem prišla tako, da sem aminokislinsko zaporedje mojega proteina vstavila v program String.

medproteinske_interakcije

Model strukture in superpozicija#

struktura

Model strukture sem dobila s pomočjo AlphaFold2. Kjer je struktura temno modre barve pomeni, da lahko z večjo gotovostjo trdimo, da je dejanska struktura taka, kot jo je izrisal AlphaFold2. Kjer pa je struktura oranžne barve pa pomeni, da je tisti del bolj fleksibilen - intrizično neurejena regija. O zanesljivosti modela lahko razberemo iz grafa, ki nakazuje na to, da fleksibilen del strukture predstavljajo aminokislinski ostanki na N-koncu.

graf_AlphaFold

superpozicija

Superpozicijo strukture, ki sem jo dobila z AlphaFold2 (oranžne barve), sem naredila s strukturo, do katere sem prišla tako, da sem v pblast-u iskala po zbirki pdb (zelene barve). Kot zadetek sem dobila protein s PDB kodo 8FEK. Pri superpoziciji je opaziti nekaj ujemanja.

Contents