Strukture#
Strukturni podatki o makromolekulah so ključnega pomena za razumevanje njihove funkcije, prav tako pa osnovni principi makromolekulske strukture omogočajo napredne pristope v makromolekulskem inženiringu, na primer dizajn de novo.
V grobem lahko ločimo strukturne podatke na tiste, ki so pridobljeni z eksperimentalnimi pristopi, ter na računalniško generirane modele. Ostro ločnico je včasih težko potegniti - primer so modeli, zgrajeni z uporabo določenih eksperimentalnih podatkov (na primer, kot prostorske omejitve pri modeliranju). Pravzaprav gre tudi pri eksperimentalno določenih strukturah za modele struktur, saj so pogosto odraz nekega povprečnega stanja, pri gradnji teh (modelov) struktur pa je bilo uporabljenih veliko več na eksperimentih osnovanih prostorskih omejitev kot pri klasičnih modelih. Morda je v luči tega bolje strukture oz. modele struktur obravnavati v smislu njihove zanesljivosti, a tukaj se bomo vseeno “držali” klasične delitve na eksperimentalno določene strukture in modele.
Zbirke eksperimentalno določenih struktur#
Osnovni vir strukturni podatkov v biološko pomembnih makromolekulah je Worlwide Protein Data Bank (wwPDB), ki vzdržuje zbirko struktur določenih z X-žarkovno kristalografijo, jedrsko magnetno reconanco (NMR), krio-elektronsko mikroskopijo (krio-EM) in drugih pristopov. Do zbirke lahko dostopamo prek treh portalov, ki sicer nudijo enake osnovne podatke, le pripisi in uporabniški vmesnik se razlikujejo: ameriški RCSB PDB [1], evropski PDBe in japonski PDBj (podatki med strežniki se redno izmenjujejo, podobno kot pri zbirkah nukleotidnih zaporedij).