S01

S01#

  • Avtor: Lana Bajec

  • Datum izdelave: 2024-05-26

  • Koda seminarja: S01

Vhodni podatek#

Povezava do datoteke z vhodnim podatkom: S01

Rezultati analiz#

Identifikacija proteina#

  1. Poravnava nukleotidnega zaporedja plazmida pUC57 z dobljenim nukleotidni zaporedjem v blastn - del, ki se ne ujema, je zapis za iskan protein. poravnava - pUC57

  2. Poravnava dobljenega zaporedja samega s sabo v blastn in kopiranje zaporedja od 431 do 1955 (neznan protein) poravnava

  3. Iskanje proteina z blastx - najboljše ujemnaje s holin sulfatazo. blastx

  4. Primerjanje zaporedja iskanega proteina z zaporedjem encima holin sulfataze (Nocardioidaceae bacterium) dobljenega v GenBank v blastn - dobljeno 94,07 % ujemanje. Na podlagi tega lahko sklepamo, da je to naš iskan protein. primerjava

Iskanje v UniProt#

  • ime proteina: holin sulfataza

  • izvorni organizem: Nocardioidaceae bacterium

  • lokalizacija: citoplazma

  • velikost proteina: 501 ak

  • domenska zgradba: sulfataza, N-končna domena; holin sulfataza, C-končna; sulfataza domene

  • funkcija proteina: encim, ki katalizira reakcijo pretvorbe holin-O-sulfata v holin.

###Post-translacijske modifikacije: pretvorba ak ostanka serina ali glicina v C-formilglicin, pomembno za katalitsko aktivnost

  • za moj protein v UniProt tega podatka ni bilo: poravnava s holin sulfatazo organizma Rhizobium meliloti (zanj ta podatek je naveden) v UniProt. Proteina imata enako aktivno mesto in spremenjen ak ostanek - FGly post-translacijske modifikacije

Iskanje sorodnih proteinov:#

  1. Ak zaporedje proteina damo v blatp podobni proteini

  2. Zapordja dobljenih proteinov kopiramo v Clustal Omega - dobimo filogentsko drevo za holin sulfatazo v različnih organizmih filogenetsko drevo

###Najbolj in najmanj ohranjene regije Zaporedja podobnih proteinov preverimo s Clustal Omega poravnava - Clustal Omega Opazimo, da je pri vseh proteinih ohranjena regija z aktivnim in vezavnim mestom. Najmanjšo podobnost imajo C in N končne regije - najmanj ohranjene.

###Podobni evkariontski proteini: Ak zaporedje proteina pregledamo z blastp, dodamo filter - organizem = evkariont blastp - evkarionti

  • organizem: Patellaria atrata (gliva), protein: holin sulfataza, funkcija: hidrolaza

  • organizem: Coccidioides immitis (gliva), protein: holin sulfataza, funkcija: hidrolaza

  • organizem: Coccidioides posadasii gliva), protein: holin sulfataza, funkcija: hidrolaza

###Struktura proteina Struktura določena z AlphaFold3 struktura

Contents