Grafi v molekularni biologiji

Najbolj splošna definicija grafa (s področja diskretne matematike) je množica točk in povezav med njimi (Wikipedia), podrobno ga pa obravnava teorija grafov (Wikipedia). Grafi so zelo uporaben način predstavitve in povezave nekih objektov ter povezav med njimi. V biologiji, biokemiji, molekularni biologiji … jih pogosto uporabljamo za predstavitev odnosov med organizmi, prikaz medproteinskih ali drugih medmolekulskih interakcij, regulatornih povezav ipd.

Medproteinske interakcije so, na primer, zbrane v zbirki STRING, kjer si jih lahko ogledamo na grafičen način – kot grafe. Primer medproteinskih interakcij človeškega proteina p53 je prikazan spodaj (različne barve povezav med proteini ponazarjajo status interakcije – eksperimentalno potrjene ali napovedane interakcije).

Že v samem pregledovalniku na omenjeni spletni strani lahko izvajamo določene analize, a za obsežnejše analize obsežnejših grafov, tudi celotnega interaktoma nekega organizma, potrebujemo specializirane programe. Eden izmed takih je Cytoscape, ki ga bomo spoznali v okviru vaj.