Vizualizacija#
Strukturo proteinov lahko vizualiziramo na različne načine, najpogostejši so:
atomi kot kroglice z radiji, proporcionalni vdW radijem (CPK)
vezi kot črtice (lines)
vezi kot paličice, atomi pa kot pomanjšane kroglice (ball-and-stick)
enostaven trak (ribbon, backbone)
trak s prikazom elementov sekundarne strukture (cartoon)
trak oz. “klobasa” (putty), katere radij je sorazmeren z nekim parametrom, npr. neurejenostjo
molekulska površina, kjer je na voljo več načinov, npr. SAS in SES (topilu dostopna oz. nedostopna površina), Gaussova površina (poenostavljeno) idr.
Za vse, ki jih zanima zgodovina (in sedanjost) področja vizualizacije makromolekulskih struktur: Richardson JS, Richardson DC, Goodsell DS. Seeing the PDB. Journal of Biological Chemistry. 2021;296. doi:10.1016/j.jbc.2021.100742
Povezave
