Delavnica: Konstrukti

Delavnica: Konstrukti#

Namen#

Namen delavnice je z analizo primerov pridobiti razumevanje o:

  • načrtovanju proteinskih konstruktov, primernih za strukturno analizo,

  • razlikah med aminokislinskim zaporedjem proteina v zbirki struktur in tistim v zbirki UniProt,

  • tem, zakaj nekaterih delov polipepotidne verige proteina v modelu strukture ni.

Zgoraj navedeno je pomembno za pripravo seminarske naloge in sicer dela, ki se nanaša na uporabljene metodološke pristope, si mora obsegati nezanemarljiv del predstavitve.

Potrebščine#

Za izvedbo potrebujete:

  • spletni brskalnik (najbolje na namiznem ali prenosnem računalniku, pogojno na tablici, na slednji je sicer malce težje manipulirati z modeli struktur; mobilni telefon ni primeren),

  • povezavo v splet.

Miška

Priporočam uporabo miške, ki omogoča levi in desni klik ter kolešček (sredinski klik), saj to bistveno olajša manipulacijo struktur v 3D.

Obravnavani primeri#

V okviru delavnice bomo obravnavali pripravo vzorca dveh proteinov, ki sta bila uporabljena za namen določitve njihove strukture, in sicer:

  • kompleks človeškega proteina BCL-X\(_L\) in peptidnega inhibitorja, ki je opisan v članku Cyclic peptides discriminate BCL-2 and its clinical mutants from BCL-XL by engaging a single-residue discrepancy (10.1038/s41467-024-45848-1);

  • nikotinskega acetilholinskega receptorja α4, ki je opisan v članku Structural mechanisms of α7 nicotinic receptor allosteric modulation and activation (10.1016/j.cell.2024.01.032).

Oba proteina sta bila obravnavana v okviru študentskih seminarjev pri predmetu Struktura proteinov v študijskem letu 2023/2024.

Za vsakega od obravnavanih primerov bomo odgovorili (vsaj) na naslednja vprašanja:

  • So za določanje strukture pripravili celoten protein ali zgolj njegov del? Zakaj?

  • Če gre za rekombinanten protein:

    • Kateri ekspresijski sistem so uporabili in zakaj?

    • Kako je potekalo izražanje proteina?

  • Kako so protein očistili?

  • Kako so očiščen protein okarakterizirali?

  • Kako so uporabili protein za določitev strukture (navezovanje na uporabljeno metodo za določitev strukture)?

Na vsa vprašanja včasih ni mogoče nedvoumno odgovoriti zgolj z branjem in analizo primarnega članka temveč se je potrebno obrniti na druge vire (članka, orodja za analizo).

Drugi viri (neobvezno!)#