Proteini:NA#
Restrikcijsko endonukleazo EcoRI iz bakterije Escherichia coli pogosto uporabljamo pri molekulskem kloniranju. Prepozna palindromno zaporedje GAATTC, kar je povezano z njeno homo-dimerno strukturo. Do prepoznavanja zaporedja pride preko interakcij s stranskim robom baz v velikem žlebu DNA.
Povezave
Primer DNA-vezavnega proteina, kjer gre za vezavo na DNA preko motiva vijačnica–zavoj–vijačnica (HTH, helix–turn–helix), je represor pri fagu \(\lambda\), vezan na operator (PDB 3BDN). Represor se na DNA veže v obliki dimera, podenota pa je sestavljena iz dimerizacijske ter DNA-vezavne domene, ki sta povezani s fleksibilno regijo, občutljivo na cepitev s strani proteaz. Proteazno aktivnost ima tudi protein RecA, udeležen pri popravljanju DNA – tudi ta encim cepi represor ravno na tem občutljivem mestu ter ga s tem inaktivira.
Povezave
Represor trp operona se na operatorsko regijo veže preko motiva HTH, podobno kot represor pri fagu \(\lambda\). Represor je v obliki homo-dimera, a konformacija brez vezanega triptofana ne omogoča ugodnih interakcij z DNA (ne z ne-operatorsko ne z operatorsko regijo). Ob vezavi triptofana (po ena molekula na podenoto; preko hidrofobnih, kation-\(\pi\) in polarnih interakcij) pride do konformacijske spremembe homo-dimera (reorientacija HTH motivov), mogoča je vezava na DNA in skeniranje za stabilno vezavo na operatorsko regijo. Prikazane so strukture trp represorja iz bakterije E. coli in sicer struktura brez vezanega Trp (PDB 3WRP), z vezanim Trp (PDB 2OZ9) ter z vezanim Trp+DNA (PDB 1TRO).
Represor z vezanim Trp ima določeno mero konformacijske fleksibilnosti, kar mu omogoča učinkovito skeniranje in prepoznavanje operatorske regije. Znani sta dve strukturi represorja z vezanim Trp, ki na nek način demonstrirata to fleksibilnost (PDB 2OZ9 in 1WRP), ob tem pa ne gre zanemariti tudi vpliva različnih kristalnih kontaktov. Primerjava teh dveh struktur ni prikazana v priloženi seji.
Popolna superpozicija struktur represorja z vezanim Trp ter represorja z vezanim Trp, vezanim na DNA, ni mogoča, saj ob vezavi na DNA pride še do dodatnih konformacijskih sprememb, ki pri represorju brez vezanega Trp sicer niso ugodne.
Povezave