Motivi#
Motiv vijačnica–zanka–vijačnica (helix–loop–helix, HLH) je pogost motiv v DNA vezavnih proteinih. Pri tem ena vijačnica leži v veliki zarezi DNA, druga pa orientirana tako, da njen dipol ugodno interagira z negativno nabitim fosfatnim ogrodjem DNA. To je prikazano na primeru represorskega proteina Cro iz faga 434, vezanega na operatorsko regijo (PDB 3CRO).
Povezave
Motiv EF je ime dobil topološki lokaciji v parvalbuminu (PDB 1B8R, iz krapa), kjer sta sicer prisotna dva taka motiva, Kation–\(\pi\) interakcijea je tisti, pri katerem sta neposredno udeleženi vijačnici E in D, prevladal pri imenu. Kalcijev ion je koordiniran v obliki pentagonalne bipiramide, pri koordinaciji pa v glavnem sodelujejo aminokislinski ostanki zanke med tema vijačnicama.
V razmislek: Ali pri koordinaciji sodelujejo zgolj atomi stranskih skupin aminokislinskih ostankov?
Povezave
Grški ključ je kar pogost motiv v proteinih, v eni kopiji ga najdemo na primer v nukleazi iz Staphylococcus aureus (PDB 1EYO), nekateri proteini pa jih vsebujejo več. Za razliko od poenostavljenih shem in topoloških diagramov ti motivi niso ploščati, prav tako ni nujno, da so vsi \(\beta\) trakovi enako dolgi.
Povezave
