Kako uporabljati modele?#
Ogled sej#
V tem delu so po tematskih sklopih zbrane predpripravljene seje za vizualizacijo makromolekulskih struktur (spremljajo jih statične slike, neposredno zgenerirane iz njih). Odprejo se v brskalniku v MolStar, do njih pa lahko dostopate:
s klikom na tekstne in slikovne povezave na teh spletnih straneh ali
preko skeniranja kod QR na drsnicah s predavanj, kar je še posebej uporabno med predavanji, kjer si lahko vrtljive modele struktur pričarate kar na pametnem telefonu.
Manipulacija modelov struktur#
S sejami lahko poljubno manipulirate. Najenostavnejše operacije so rotacija, približevanje/oddaljevanje in translacija modelov (mogoča tudi zgolj z uporabo prstvo na zaslonih na dotik). Z vklopom prikaza orodij, ki je sicer pri večini sej privzeto izključen, pa lahko prikaz dodatno prilagodite – na primer, vključite lahko prikaz elektronske gostote pri strukturah, določenih z rentgensko difrakcijo, izvajate meritve (razdalje, koti), spreminjate načine vizualizacije (kroglice in palčke, molekulska površina, trak, …), dodajate oznake ipd. Kratek opis možnosti je naveden v uvodu v MolStar.
Ogled sej brez internetne povezave#
Če želite seje uporabljati brez internetne povezave (offline) morate storiti dvoje:
posamezne seje (datoteke s končnico
molx) ali kar celotno mapo s sejami (seje) si prenesite z repozitorija, za prenos mape kot dela repozitorija lahko uporabite več pristopov, na primer tega ali tega,nainstalirajte si Visual Studio Code (na voljo za Windows, Linux in macOS) z razširitvijo Protein Viewer, kot je to na kratko opisano v razdelku MolStar.
Nedelovanje sej
Zaradi posodobljene verzije MolStar se lahko zgodi, da kakšna seja ne deluje. Če naletite na tako povezavo oz. sejo mi to prosim sporočite (navodila so na dnu naslovnice).