Analiza struktur idr.

Analiza struktur idr.#

Spodaj je zbranih nekaj uporabnih povezav do zbirk in orodij, ki omogočajo analizo makromolekulskih struktur.

Sekundarna struktura#

Orodja za pripis (asignacijo) sekundarne strukture posameznim aminokislinskim ostankom na osnovi 3D strukture (pogosto jih najdemo integrirana v programe za vizualizacijo struktur ipd.):

  • STRIDE (STRuctural IDEntification), ki kombinira vodikove vezi in njihovo energetiko (glede na geometrijo, s prilagoditvami na osnovi empiričnih podatkov iz znanih struktur) s torzijskimi koti ogrodja [Frishman and Argos, 1995];

  • DSSP (Dictionary of Secondary Structure of Proteins), ki, podobno kot STRIDE, kombinira vodikove vezi in njihovo energetiko (glede na geometrijo, na osnovi enačbe za izračun elektrostatskega potenciala) [Kabsch and Sander, 1983].

Lastnosti#

  • APBS: Strežnik na osnovi programa Adaptive Poisson-Boltzmann Solver, ki omogoča izračun elektrostatskih lastnosti molekul in ob tem upošteva solvatacijo [Jurrus et al., 2018].

Validacija#

  • MolProbity: Orodje za validacijo/evaluacijo makromolekulskih struktur, določenih z rentgensko difrakcijo, krio-elektronsko mikroskopijo itd., do določene mere deluje tudi za ansamble struktur, določenih z NMR [Williams et al., 2018]. Med drugim vam izpiše/izriše podatke o geometriji, neugodnih stikih, rotamerah ter Ramachandranov diagram.

Oligomeri#

  • PDBePISA (Proteins, Interfaces, Structures and Assemblies): Orodje za interaktiven prikaz interakcijskih površin med makromolekulami, kar je uporabno pri analizi oligo- ali multi-mernih proteinov. Orodje je izjemno uporabno za analizo vseh možnih simetrij v strukturh, določenih s kristalografijo, kar nam lahko pomaga identificirati biološko relevantne medmolekulske stike v kristalu.

Podobne strukture#

  • Pairwise Structure Alignment: Poravnava dveh struktur direktno na strežniku RCSB v povezavi z zbirko PDB, lahko naložimo tudi svoje datoteke. Na voljo več algoritmov (od zaporedja odvisni ter od zaporedja neodvisni).

  • PDBeFold: Orodje za iskanje podobnih struktur preko ujemanja prostorske razporeditve elementov sekundarne strukture (algoritem secondary structure matching (SSM)) [Krissinel and Henrick, 2004].

  • DALI: Orodje za iskanje podobnih struktur po principu lokalne podobnosti v kontaktih/bližinah aminokislinskih ostankov.

Razno#

  • PDBsum: poenostavljen grafični prikaz struktur v zbirki PDB ter tudi AlphaFold modelov, med drugim izriše topološki diagram, prikaže različne elemente sekundarne strukture, ligande ter interakcije protein:ligand, žepe in tunele v proteinu itd.