Zbirke strukturnih podatkov#
V osnovi bi lahko rekli, da k strukturnim podatkom spadajo vsi nivoji strukture proteinov, torej tudi aminokislinska zaporedja (primarna struktura) ter podatki o sekundarnih strukturah, a v praksi temu ni tako in vsak biokemik bo ob besedni zvezi “strukturni podatki” najprej pomislil na 3D strukturne podatke. Seveda so slednji neločljivo povezani s primarno strukturo, navsezadnje slednja določa 3D strukturo, elementi sekundarne strukture pa so del 3D strukture – oboje tako najdemo kot pripise v zbirkah strukturnih podatkov.
Poznamo sicer tudi ločene zbirke zaporedij, najbolj znana in najpogosteje uporabljana je zbirka UniProt (obravnavamo jo pri Biokemijski informatiki). Neke prave zbirke elementov sekundarnih struktur nimamo, ti podatki so vedno nekako integrirani v druge zbirke – navsezadnje sekundarno strukturo nedvoumno določimo šele ob določitvi terciarne strukture. Morda se boste vprašali “Kje pa so podatki o kvartarni strukturi?”… Slednji so del zbirk 3D strukturnih podatkov, saj nekatere metode omogočajo neposredno določitev strukture homo- in hetero-oligomernih kompleksov, le-te pa lahko tudi zmodeliramo, npr. z uporabo programov za umeščanje (angl. docking) in sicer brez uporabe ali ob uporabi določenih eksperimentalnih podatkov.
Zbirke strukturnih podatkov so na tej strani razdeljene v tri skupine:
druge zbirke, pri katerih gre predvsem za integracijo oz. povezovanje strukturnih, funkcijskih, evolucijskih in drugih podatkov.
Opomba
Pri vseh teh skupinah so navedene le najpomembnejše in najbolj pogosto uporabljane zbirke, obravnavane pri predmetu Struktura proteinov.