Seminarske delavnice

Zraven predstavitev seminarskih nalog bodo v okviru seminarskih terminov izvedene delavnice, katerih teme bodo:

• vizualizacija struktur z orodjem MolStar,

• zbirke struktur s poudarkom na zbirki RCSB PDB, predstavljene pa bodo tudi PDBe, AlphaFold Protein Structure Database, BMRB in EMDB,

• eksperimentalni pristopi za določanje struktur makromolekul – ogledali si bomo nekatere primere struktur s poudarkom na procesu njihove določitve od priprave vzorca do strukture, kar bo dopolnjeno z nekaj temami kot dopolnitev predavanj:

  • načrtovanje proteinskih konstruktov za strukturno analizo in

  • gradnja in piljenje modela strukture (MX).

Program Chimera boste spoznali v okviru vaj pri tem predmetu. Znanje in veščine, pridobljene na teh delavnicah in vajah, vam bodo v pomoč pri samostojni pripravi seminarskih nalog.

Orodja PyMOl sicer ne bomo podrobneje predstavljali, še vedno je pa dostopna podstran z delavnico na temo vizualizacije struktur z orodjem PyMOL.

Delavnice se bodo izvajale v predavalnici, zaželjeno pa je, da vas čim več prinese prenosne računalnike. Za izvedbo potrebujete zgolj internetno povezavo (uredite si Eduroam), saj bomo uporabljali zgolj programe, ki tečejo v spletnem brskalniku, in preko spleta dostopne zbirke podatkov.