Delavnica: PyMOL

Delavnica: PyMOL#

Namen#

Namen delavnice je seznaniti se s programom PyMOL, ki še vedno ostaja eden izmed najpogosteje uporabljanih programov za vizualizacijo bioloških makromolekul.

Potrebščine#

Za izvedbo potrebujete:

  • nameščen program PyMOL,

  • povezavo v splet.

Miška

Priporočam uporabo miške, ki omogoča levi in desni klik ter kolešček (sredinski klik), saj to bistveno olajša manipulacijo struktur v 3D.

Shema delavnice#

Na delavnici bodo predstavljeni spodaj navedeni vidiki uporabe orodja PyMOL (na tej strani tudi najdete osnovna navodila za delo s programom). Delavnico ste uspešno opravili če lahko za vsako od navedenih točk rečete “Vem, za kaj se gre in znam uporabiti!”.

  • nalaganje datotek iz zbirke PDB – na primeru človeškega citokroma P450 (PDB ID 1TQN)

  • različni načini prikaza (trak, paličice, …)

    • funkcije gumbov S, H in C (Show, Hide, Color)

  • izbiranje:

    • preko aminokislinskega zaporedja

    • preko ukazne vrstice

  • ustvarjanje novih:

    • objektov

    • izborov

  • funkcije gumba L (Label)

  • funkcije gumba A (Action)

  • izris slike v visoki ločljivosti (raytracing)

  • superpozicija (superpozicija z govejim citokromom P540 (PDB ID 3MZS))

  • spreminjanje barve ozadja

  • shranjevanje sej