S3-08

S3-08#

  • Datum izdelave: 2026-05-13

  • Koda seminarja: S3-08

Varuh redoks ravnovesja: zgodba tioredoksin reduktaze#

Tioredoksini so majhni proteini, ki jih najdemo v organizmih vseh kraljestev in skrbijo za redoks homeostazo v celicah. Sodelujejo pri redukciji disulfidov, zato morajo biti tudi sami v reducirani obliki. Za ohranjanje reducirane oblike tioredoksinov pa skrbijo tioredoksin reduktaze, ki skupaj z NADPH reducirajo oksidirane disulfide pri tioredoksinu.

Naloga 1: Lastnosti človeških tioredoksin reduktaz#

  • Koliko različnih tioredoksin reduktaz ima človek? Kje v celici se nahajajo posamezne tioredoksin reduktaze?

  • Katero katalitsko aktivnost ima tioredoksin reduktaza 3 poleg tioredoksin reduktazne?

  • Katera izmed človeških tioredoksin reduktaz se najbolj razlikuje od drugih dveh? Pomagaj si z velikostjo in lokacijo v celici.

Naloga 2: Primerjava zaporedij človeških tioredoksin reduktaz#

  • Poravnaj vsa 3 zaporedja človeških tioredoksin reduktaz. Komentiraj rezultate. V katerem delu zaporedja tioredoksin reduktaze 2 je prišlo do delecije?

  • Katere domene ima tioredoksin reduktaza 1? Kje se nahajajo? Ali so vse domene ohranjene? Pomagaj si z orodjem InterPro.

  • Glede na rezultate orodja InterPro sklepaj katere kofaktorje potrebujejo tioredoksin reduktaze za delovanje.

Naloga 3: Tioredoksin reduktaza 2#

  • Kateri mRNA zapis kodira najdaljši izoform tioredoksin reduktaze 2? Kaj je posebnost kodirajočega zaporedja za tioredoksin reduktazo 2? Ali vsebuje le en STOP-kodon?

  • Ali je model človeške tioredoksin reduktaze 2 eksperimentalno določen?

  • Z AlphaFold 3 napovej strukturo tioredoksin reduktaze 2 pri človeku. Za lažji izris predpostavi mutacijo nestandardnih aminokislinskih ostankov v najbolj primeren aminokislinski ostanek. Izberi si tisti rezultat, ki je bil izrisan na podlagi eksperimentalno določene strukture.

Naloga 4: Primerjava sorodnosti tioredoksin reduktaze 1 med vrstami#

  • Nariši filogenetsko drevo na podlagi tioredoksin reduktaze 1. Uporabi zaporedja vrst Arabidopsis thaliana, miši, podgane, kvaskovk, človeka, goveda, orangutana, pujsa, Caenorhabditis elegans in vinske mušice. Interpretiraj rezultate.

  • Ali smo pri prejšnjem vprašanju ustrezno uvrstili tioredoksin reduktazo 1 vrste Arabidopsis thaliana v filogenetsko drevo na osnovi te reduktaze? Utemelji.

  • Ali sta človeška tioredoksin reduktaza 1 izoform 1 in goveja tioredoksin reduktaza 1 ortologa?

Contents