# S3-08
- **Datum izdelave**: 2026-05-13
- **Koda seminarja**: S3-08

## Varuh redoks ravnovesja: zgodba tioredoksin reduktaze

Tioredoksini so majhni proteini, ki jih najdemo v organizmih vseh kraljestev in skrbijo za redoks homeostazo v celicah. Sodelujejo pri redukciji disulfidov, zato morajo biti tudi sami v reducirani obliki. Za ohranjanje reducirane oblike tioredoksinov pa skrbijo tioredoksin reduktaze, ki skupaj z NADPH reducirajo oksidirane disulfide pri tioredoksinu.
### Naloga 1: Lastnosti človeških tioredoksin reduktaz
- Koliko različnih tioredoksin reduktaz ima človek? Kje v celici se nahajajo posamezne tioredoksin reduktaze?
- Katero katalitsko aktivnost ima tioredoksin reduktaza 3 poleg tioredoksin reduktazne?
- Katera izmed človeških tioredoksin reduktaz se najbolj razlikuje od drugih dveh? Pomagaj si z velikostjo in lokacijo v celici.
### Naloga 2: Primerjava zaporedij človeških tioredoksin reduktaz
- Poravnaj vsa 3 zaporedja človeških tioredoksin reduktaz. Komentiraj rezultate. V katerem delu zaporedja tioredoksin reduktaze 2 je prišlo do delecije?
- Katere domene ima tioredoksin reduktaza 1? Kje se nahajajo? Ali so vse domene ohranjene? Pomagaj si z orodjem InterPro.
- Glede na rezultate orodja InterPro sklepaj katere kofaktorje potrebujejo tioredoksin reduktaze za delovanje.
### Naloga 3: Tioredoksin reduktaza 2
- Kateri mRNA zapis kodira najdaljši izoform tioredoksin reduktaze 2? Kaj je posebnost kodirajočega zaporedja za tioredoksin reduktazo 2? Ali vsebuje le en STOP-kodon?
- Ali je model človeške tioredoksin reduktaze 2 eksperimentalno določen?
- Z AlphaFold 3 napovej strukturo tioredoksin reduktaze 2 pri človeku. Za lažji izris predpostavi mutacijo nestandardnih aminokislinskih ostankov v najbolj primeren aminokislinski ostanek. Izberi si tisti rezultat, ki je bil izrisan na podlagi eksperimentalno določene strukture.
### Naloga 4: Primerjava sorodnosti tioredoksin reduktaze 1 med vrstami
- Nariši filogenetsko drevo na podlagi tioredoksin reduktaze 1. Uporabi zaporedja vrst Arabidopsis thaliana, miši, podgane, kvaskovk, človeka, goveda, orangutana, pujsa, Caenorhabditis elegans in vinske mušice. Interpretiraj rezultate.
- Ali smo pri prejšnjem vprašanju ustrezno uvrstili tioredoksin reduktazo 1 vrste Arabidopsis thaliana v filogenetsko drevo na osnovi te reduktaze? Utemelji.
- Ali sta človeška tioredoksin reduktaza 1 izoform 1 in goveja tioredoksin reduktaza 1 ortologa?