S2-02

S2-02#

  • Datum izdelave: 2026-05-08

  • Koda seminarja: S2-02

Avtosomno dominantna policistična ledvična bolezen#

Avtosomno dominantna policistična ledvična bolezen (ADPKD) je ena najpogostejših dednih bolezni ledvic, za katero je značilno postopno nastajanje številnih cist v ledvicah. Rast cist povzroči povečanje ledvic in postopno zmanjšanje njihove funkcije, kar lahko vodi do odpovedi ledvic.

  1. Z uporabo PubMed poišči:

    • Število člankov na temo ADPKD. Koliko jih je v celoti brezplačno dostopnih?

    • Katerega leta je bilo objavljenih največ preglednih člankov na to temo? Koliko?

  2. Bolezen je predvsem povezana z mutacijami v genih PKD1 in PKD2.

    • Poišči imeni in PDB kodi proteinov, ki ju kodirata ta dva gena.

    • S katero metodo in v katerem ekspresijskem sistemu sta bili ti dve strukturi določeni?

  3. PC1 je velik transmembranski protein, PC2 pa je kanalček.

    • Kanalček katerih ionov je PC2? Koliko vezavnih mest za ta ion ima protein? Pretežno kateri ak se nahajajo v vezavnih mestih? Zakaj? Kateri ak ostanek je netipičen za vezavo teh ionov? Zakaj je to vseeno lahko vezavno mesto?

    • Koliko transmembranskih vijačnic ima PC1? Kaj pa disulfidnih mostičkov? Kje v celici se nahaja (upoštevaj tudi po podobnosti)?

    • Kakšen naboj bosta imela proteina pri pH 6? Kakšen je njun razpolovni čas? Ali sta proteina klasificirana kot stabilna? (pozoren bodi na morebitne signalne peptide)

  4. Kot omenjeno so mutacije v genih PKD1 in PKD2 eden izmed glavnih razlogov za nastanek bolezni.

    • Poišči GenBank ID mRNA za PC1 in PC2 ter dolžini teh dveh mRNA. Dolžini primerjaj z dolžino kodirajoče regije. Na katerem kromosomu se nahaja zapis za omenjeni mRNA molekuli?

    • Do bolezni vodijo številne mutacije, zapiši najbolj publicirano mutacijo za protein PC1, enako tudi za PC2. S čim meniš, da je povezana razlika v številu možnih mutacij obeh proteinov, ki vodijo do bolezni?

  5. Spodaj zapisano zaporedje je zelo podobno eni od domen proteina PC1:

    • Katero orodje za poravnavo je bolj smiselno uporabiti: Needle ali Water? Zakaj?

    • Kateri domeni je podoben spodnji zapis? V katerem delu zaporedja se nahaja ta domena?

    • Domeni katerega, v UniProtKB/Swiss-Prot anotiranega proteina je ta domena še relativno podobna (za iskanje uporabi zaporedje domene iz PC1)? Za protein iz katerega organizma gre?

>zaporedje
CREPEVDIVLPLQILMRRSQTRNYLEADRDCVTYQTEYRWEVYRTASCQRPGRPARVALPGIDVPVGHYCFIFVVSFGDTTPLTQSITQANVT
VAIVEGGSYRVWSDQTRDLVLDGSESYQTPLSFHWACVASTQREAGGCALNFGPRGSSTVTIPRLAAGVEYTFSLTVWWYTQETTNQTVLIRS
GRVPIVSLECVSCKAQAVYEVSRSSYVYLEGRCLNCSSGSKRGRWAEARTFSNKTLVLDETTTSTGSAGMRLVLRRGVLRDGEGYTFTLTVLG
RSGEEEGCASIRLSPNRPPLGGSCRLFPLGAVHALTTKVHFECTGDAGAPLVYALLLRRCRQGHCEEFCVYKGSLSSYGAVLPPGFRPHFEVG
LAVVVQDQLGAAVVALNRSLAITLPEPNGSATGCPGIIEYSLALVTVLNEYERALDVAAEPKHERQHRAQIRKNITETLVSLRVHTIDDIQQI
AAALAQCMGPSRELVCRSCLKQTLHKLEAMMLILQAETTAGTVTPTAIGDSILNITGSSDVRAPQPSELGAESPSRNLTSALMRILMRSRVLN
EEPLTLAGEEIVAQGKRSDPRSLLCYGGAPGPGCHFSIPEAFSGALANLSDVVQLIFLVDSNP

  1. Z uporabo “košarice” v UniProt in orodja “Align” ali pa orodja “Clustal Omega” poravnaj 6 proteinov PC2 iz različnih organizmov. In sicer: Oryzias latipes, Caenorhabditis elegans, Mus musculus, Danio rerio, Homo sapiens in Bos taurus.

    • Ali so rezultati poravnave smiselni in zakaj? Ali se mutacije, ki povzročajo bolezen nahajajo v dobro ohranjenih regijah? Je to smiselno in zakaj? Izdelaj filogenetsko drevo in prilepi sliko. Komentiraj filogenetsko drevo.

Contents