# S2-02

- **Datum izdelave**: 2026-05-08
- **Koda seminarja**: S2-02

## Avtosomno dominantna policistična ledvična bolezen
Avtosomno dominantna policistična ledvična bolezen (ADPKD) je ena najpogostejših dednih bolezni ledvic, za katero je značilno postopno nastajanje številnih cist v ledvicah. Rast cist povzroči povečanje ledvic in postopno zmanjšanje njihove funkcije, kar lahko vodi do odpovedi ledvic.
1. Z uporabo PubMed poišči:
    - Število člankov na temo ADPKD. Koliko jih je v celoti brezplačno dostopnih?
    - Katerega leta je bilo objavljenih največ preglednih člankov na to temo? Koliko?

2. Bolezen je predvsem povezana z mutacijami v genih *PKD1* in *PKD2*.
    - Poišči imeni in PDB kodi proteinov, ki ju kodirata ta dva gena.
    - S katero metodo in v katerem ekspresijskem sistemu sta bili ti dve strukturi določeni?

3. PC1 je velik transmembranski protein, PC2 pa je kanalček.
    - Kanalček katerih ionov je PC2? Koliko vezavnih mest za ta ion ima protein? Pretežno kateri ak se nahajajo v vezavnih mestih? Zakaj? Kateri ak ostanek je netipičen za vezavo teh ionov? Zakaj je to vseeno lahko vezavno mesto?
    - Koliko transmembranskih vijačnic ima PC1? Kaj pa disulfidnih mostičkov? Kje v celici se nahaja (upoštevaj tudi po podobnosti)?
    - Kakšen naboj bosta imela proteina pri pH 6? Kakšen je njun razpolovni čas? Ali sta proteina klasificirana kot stabilna? (pozoren bodi na morebitne signalne peptide)

4. Kot omenjeno so mutacije v genih *PKD1* in *PKD2* eden izmed glavnih razlogov za nastanek bolezni.
    - Poišči GenBank ID mRNA za PC1 in PC2 ter dolžini teh dveh mRNA. Dolžini primerjaj z dolžino kodirajoče regije. Na katerem kromosomu se nahaja zapis za omenjeni mRNA molekuli?
    - Do bolezni vodijo številne mutacije, zapiši najbolj publicirano mutacijo za protein PC1, enako tudi za PC2. S čim meniš, da je povezana razlika v številu možnih mutacij obeh proteinov, ki vodijo do bolezni?

5. Spodaj zapisano zaporedje je zelo podobno eni od domen proteina PC1:
    - Katero orodje za poravnavo je bolj smiselno uporabiti: Needle ali Water? Zakaj?
    - Kateri domeni je podoben spodnji zapis? V katerem delu zaporedja se nahaja ta domena?
    - Domeni katerega, v UniProtKB/Swiss-Prot anotiranega proteina je ta domena še relativno podobna (za iskanje uporabi zaporedje domene iz PC1)? Za protein iz katerega organizma gre? 
```
>zaporedje
CREPEVDIVLPLQILMRRSQTRNYLEADRDCVTYQTEYRWEVYRTASCQRPGRPARVALPGIDVPVGHYCFIFVVSFGDTTPLTQSITQANVT
VAIVEGGSYRVWSDQTRDLVLDGSESYQTPLSFHWACVASTQREAGGCALNFGPRGSSTVTIPRLAAGVEYTFSLTVWWYTQETTNQTVLIRS
GRVPIVSLECVSCKAQAVYEVSRSSYVYLEGRCLNCSSGSKRGRWAEARTFSNKTLVLDETTTSTGSAGMRLVLRRGVLRDGEGYTFTLTVLG
RSGEEEGCASIRLSPNRPPLGGSCRLFPLGAVHALTTKVHFECTGDAGAPLVYALLLRRCRQGHCEEFCVYKGSLSSYGAVLPPGFRPHFEVG
LAVVVQDQLGAAVVALNRSLAITLPEPNGSATGCPGIIEYSLALVTVLNEYERALDVAAEPKHERQHRAQIRKNITETLVSLRVHTIDDIQQI
AAALAQCMGPSRELVCRSCLKQTLHKLEAMMLILQAETTAGTVTPTAIGDSILNITGSSDVRAPQPSELGAESPSRNLTSALMRILMRSRVLN
EEPLTLAGEEIVAQGKRSDPRSLLCYGGAPGPGCHFSIPEAFSGALANLSDVVQLIFLVDSNP
```
6. Z uporabo "košarice" v UniProt in orodja "Align" ali pa orodja "Clustal Omega" poravnaj 6 proteinov PC2 iz različnih organizmov. In sicer: *Oryzias latipes*, *Caenorhabditis elegans*, *Mus musculus*, *Danio rerio*, *Homo sapiens* in *Bos taurus*. 

    - Ali so rezultati poravnave smiselni in zakaj? Ali se mutacije, ki povzročajo bolezen nahajajo v dobro ohranjenih regijah? Je to smiselno in zakaj? Izdelaj filogenetsko drevo in prilepi sliko. Komentiraj filogenetsko drevo.