S3-12

S3-12#

  • Datum izdelave: (2026-5-13)

  • Koda seminarja: (S3-12)

Naloga#

Prvi del#

  1. Pojdi na UniProt in poišči protein hemocianin iz raka podkovnjaka (Limulus polyphemus).

  • Zapiši Accesion code za ta protein,

  • navedi dolžino proteina,

  • kateri kovinski ion je potreben za delovanje proteina,

  • biološka funkcija.

  1. Izvedi blast za zaporedje hemocianina. Kateri organizmi imajo podobne proteine. Ali najdeš podoben protein tudi pri sesalcih.

  2. Razloži kaj je razlika med analogijo in homologija. Ali sta hemocianin in hemoglobin homologa ali analoga.

  3. Na podlagi poravneve zaporedja hemocianina raka podkovnjaka in hemocianina A verige Ameriške tarantele (Aphonopelma sp.) sklepaj na skupen evolucijski izvor pajkov in rakov.

  • Kako bi se lahko še bolj zaneslijivo sklepali na skupen evolucijski izvor.

  • Ali si uporabil globalno ali lokalno poravnavo? Zakaj?

  1. V PDB odpri vnos pod zapisom 6L8S.

  • Iz katerega organizma je ta protein,

  • s kakšno metodo je bila določena struktura,

  • kakšna je ločljivost določene strukture,

  • ali ima strktura kakšne ramachandranove osamelce.

Drugi del#

  1. Na UniProt poišči zapis za spidroin 1 iz organizma Trichonephila clavipes.

  • Zapišite približno molekulsko maso tega proteina v daltonih

  • navedite na katero lastnost pajkove svile vpliva ta protein,

  • kateri aminokislinski ostanki prevladujejo v proteinu,

  • ali ima struktura kakšne ponavljajoče se elemente? če DA, kolikokrat se ponovijo.

  1. Na PubMed poišči:

  • koliko člankov vsebuje besedo spidroin kjerkoli v članku?

  • vsebuje spidroin samo v naslovu?

  • katerega leta je izšel prvi članek, ki je imel spidroin kjerkoli v članku?

  • koliko člankov je izšlo od začetka leta 2000 in do konca leta 2020 in je vsebovalo spidroin kjerkoli v članku?

Contents