<no title>

Proteini družine Hsp70 (heat shock proteins 70) predstavljajo eno najbolj evolucijsko ohranjenih družin proteinov. Prisotni so pri velikem številu organizmov, od bakterij do človeka, kjer sodelujejo pri pravilnem zvijanju proteinov, preprečevanju agregacije in stabilizaciji proteinov med celičnim stresom. Zaradi njihove pomembne funkcije vsebujejo značilne ohranjene regije.

## Naloge

### 1. Naloga

Za protein iz družine Hsp70 s kodo **P11142** ugotovi:

* iz koliko eksonov je sestavljen gen

* kolikšen del nukleotidnega zaporedja predstavlja kodirajoča regija

* na katerem kromosomu se nahaja gen

### 2. Naloga

Za isti protein kot iz prve naloge poišči:

* v katerih predelih celice se nahaja

* katera post-translacijska modifikacija je prisotna na 589. mestu aminokislinskega zaporedja in katera aminokislina je modificirana

* na kateri aminokislini je potrebna modifikacija (eksperimentalna mutageneza), da encim METTL21A ni več sposoben metilirati te aminokisline (zapiši aminokislino, njeno mesto in v katero aminokislino so jo zmutirali)

* s katerim delom (regijo) aminokislinskega zaporedja se protein veže na ATP (in ostale nukleotide)

### 3. Naloga

Sedaj pa še nekaj statistično o proteinu.

* Katere 3 aminokisline so najpogostejše v aminokislinskem zaporedju (če gledaš procente)?

* Koliko aminokislin je pozitivno nabitih?

* Če bi imeli protein v raztopini s pH 3, kateri (anionski/kationski) ionski izmenjevalec bi morali izbrati za čiščenje proteina z uporabo ionske izmenjevalne kromatografije?

### 4. Naloga

Imaš podano aminokislinsko zaporedje in ugotovi za kateri protein gre (ime lahko napišeš v angleščini) in zapiši njegov Uniprot accession kodo.

MAQRGGARRPRGDRERLGSRLRALRPGREPRQSEPPAQRGPPPSGRPPARSTASGHDRPT

RGAAAGARRPRMKKKTRRRSTRSEELTRSEELTLSEEATWSEEATQSEEATQGEEMNRSQ

EVTRDEESTRSEEVTREEMAAAGLTVTVTHSNEKHDLHVTSQQGSSEPVVQDLAQVVEEV

IGVPQSFQKLIFKGKSLKEMETPLSALGIQDGCRVMLIGKKNSPQEEVELKKLKHLEKSV

EKIADQLEELNKELTGIQQGFLPKDLQAEALCKLDRRVKATIEQFMKILEEIDTLILPEN

FKDSRLKRKGLVKKVQAFLAECDTVEQNICQETERLQSTNFALAE

Kateri tip poravnave (globalna ali lokalna) je primernejši za “Heat shock cognate 71 kDa protein” in protein podan z zgornjim aminokislinskim zaporedjem?

Naredi izbrano poravnavo in komentiraj.

### 5. Naloga

S pomočjo poravnave aminokislinskih zaporedij več HSP7C proteinov iz različnih organizmov (poleg človeka izberi še O73885, Q9W6Y1, P19120, A2Q0Z1, Q5NVM9) ugotovi, ali so proteini evolucijsko ohranjeni in katere ostanke imajo v vezavnih mestih (“Binding site”).

Z istimi proteini naredi filogenetsko drevo in ga pokomentiraj.

Contents