S304

S304#

DIHIDROFOLAT REDUKTAZA POD MIKROSKOPOM BIOINFORMATIKE#

  • Datum izdelave: 2026-05-13

  • Koda seminarja: S304

UVOD#

Dihidrofolat reduktaza (DHFR). Zaradi svoje esencialne funkcije predstavlja pomembno tarčo številnih zdravil. Naloge se navezujejo na človeški DHFR razen, kjer piše drug organizem.

Naloga 1#

Odgovorite na naslednja vprašanja:

  1. Kdaj se protein prvič pojavil v naslovu znanstvenih člankov?

  2. Katera raziskovalna področja so se največkrat pojavila skupaj z proteinom:

a)rak

b)antibiotik

c)malarija

  1. Katera PDB koda pripada našemu proteinu DHFR, ki najdemo v UniProtu pod kodo P00374?

Naloga 2#

  1. Kakšno funkcijo ima protein?

  2. Ali se veže na lastno mRNA ali na mRNA gena DHFR2?

  3. Kateri kofaktor je pomemben za encim in koliko vezavnih mest ima?

  4. Ali je 55. mestu aminokislinski ostanek modificiran in če je za kakšno modifikacijo gre?

  5. Koliko domen vsebuje protein in na katerih mestih v aminokislinskem zaporedju se nahajajo (od katerega do katerega aminokislinskega ostanka)?

  6. Kakšen teoretični pI mišjega in človeškega proteina dihidrofolat reduktaze? V primeru, da se razlikujeta pojasni, zakaj je temu tako?

Naloga 3#

Poišči mRNA mišjega proteina DHFR, katerega celotno nukleotidno zaporedje je dolgo 1499. Kateri del zaporedja se dejansko prevede v protein?

Naloga 4#

  • Preden rešiš to nalogo še par informacij: Malarija je bolezen, ki jo povzročajo paraziti rodu Plasmodium in se prenaša prek pika okuženih komarjev.Antimalariki (npr. DHFR inhibitorji) delujejo tako, da se vežejo v aktivno mesto proteina, blokirajo sintezo folata in tako posledično preprečijo sintezo DNA.

Primerjaj zaporedje človeškega DHFR s mišjim DHFR in DHFR iz plazmodija (lat. Plasmodium falciparum)? Kaj bi lahko rekel iz ugotovljene podobnosti/nepodobnosti zaporedij, ali bi lahko to vplivalo tudi na selektivnost zdravil antimalaričnih zdravil?

Contents