S2-14

• Datum izdelave: 2026-05-08

• Koda seminarja: S2-14

Analiza evolucijsko ohranjenih regij proteina p53 pri različnih organizmih

Protein p53 je eden najpomembnejših regulatorjev celičnega cikla in odziva na poškodbe DNA. Zaradi njegove ključne vloge pri preprečevanju nastanka raka ga pogosto imenujemo tudi »varuh genoma«. Mutacije v genu TP53 so povezane z velikim številom rakavih obolenj.

V tej nalogi boste raziskali evolucijsko ohranjenost proteina p53 pri različnih organizmih ter analizirali povezavo med zaporedjem, strukturo in funkcijo proteina.

1. UniProt

Poišči človeški protein p53.

Napiši ime gena:

Napiši dolžino proteina:

Kje se nahaja protein?

Ali ima kofaktor? Kateri?

2. Sorodnost

Poišči homologe proteina pri miši (Mus musculus) in zebrici (Danio rerio). S katerim izmed teh dveh organizmov si je človeški protein bolj podoben in zakaj? Odgovor utemelji s sliko filogenetskega drevesa iz programa Clustal Omega, v katerega dodaj še naslednje organizme: Macaca mulatta, Bos indicus, Xenopus laevis, Tetraodon miurus, Gallus gallus, Oryctolagus cuniculus, Sus scrofa, Delphinapterus leucas, Ovis aries, Macaca fuscata fuscata.

Zaporedja tudi poravnaj in odgovori na vprašanja:

Katere regije so najbolj ohranjene?

Zakaj so funkcionalno pomembne regije pogosto evolucijsko ohranjene?

Kateri del proteina kaže največ variabilnosti?

3. Modeliranje

S pomočjo Swiss-model izdelaj model proteina p53 iz izbranega organizma (ki še nima eksperimentalne strukture). Priloži sliko modela.

Kaj pomeni kratica GMQE in kakšna je njena vrednost? Kaj to pove o modelu?

Kakšna je sekvenčna podobnost? Kaj to pomeni?

Kakšen je coverage? Kaj to pomeni?

4. Struktura

V programu Chimera X odpri strukturo proteina p53 s kodo 7DHZ in jo poravnaj z modelom pridobljenem v Swiss-model. Priloži sliko poravnave strukture in jo komentiraj.