S2-08#
Datum izdelave: 2026-05-08
Koda seminarja: S08
Naloga#
Znanstveniki so odkrili zaporedje neznanega proteina. Tvoja naloga je da identificiraš ta protein.
MRALVLLLSLFLLGGQAQHVSDWTYSEGALDEAHWPQHYPACGGQRQSPINLQRTKVRYN PSLKGLNMTGYETQAGEFPMVNNGHTVQISLPSTMRMTVADGTVYIAQQMHFHWGGASSE ISGSEHTVDGIRHVIEIHIVHYNSKYKSYDIAQDAPDGLAVLAAFVEVKNYPENTYYSNF ISHLANIKYPGQRTTLTGLDVQDMLPRNLQHYYTYHGSLTTPPCTENVHWFVLADFVKLS RTQVWKLENSLLDHRNKTIHNDYRRTQPLNHRVVESNFPNQEYTLGSEFQFYLHKIEEIL DYLRRALN
Navedi ime proteina in organizem iz katerega izvira.
Ali ima protein aktivno mesto. Če ja navedi kateri aminokislinski ostanek to je in na katerem mestu se nahaja? Če bi želeli protein deaktivirati, v kateri aminokislinski ostanek bi zmutirali aktivno mesto?
Med katerima aminokislinskima ostankoma (ime in pozicija) se tvori disulfidna vez? Ali so prisotne tudi kakšne druge posttranslacijske modifikacije?
Navedi kateri ioni so potrebni za delovanje.
Kje se ta protein nahaja?
Ali obstaja kakšen alterenativen “splicing”? Če ja primerjaj in komentiraj izooblike (naredi poravnavo).
Zapiši pdb kodo tega proteina.
Navedi ekspresijski sistem in datum izdaje.
Pojdi na PubMed in išči zadetke, če v iskalno vrstico vneseš ime proteina (iz UniProta). Katero je bilo prvo leto, ko je bil objavljen članek na to temo? Koliko preglednih člankov je bilo napisno na to temo?
Poišči homolog Danio rerio. Izberi zadetek z daljšim aminokislinskim zaporedjem (538AA). Naredi poravnavo z našim izvornim proteinom. Komentiraj vezavna mesta in aktivno mesto homologa. Ali so enaka kot pri našem proteinu?
Katera je druga domena, ki se nahaja v homologu Danio rerio?
Kopiraj aminokislinsko zaporedje te domene in najdi človeški homolog. Navedi ime človeškega proteina.
Navedi še dve alternativni imeni za ta protein. Kaj je funkcija tega proteina?
V UniProt-u je omenjenih veliko mutacij tega proteina. Zamenjava katerega aminokislinskega ostanka v katerega povzroči nastanek raka/karcinoma? Navedi katera vrsta raka se pojavi (Namig: dve vrsti raka).