#S1-06
Datum izdelave: 2026/05/07
Koda seminarja: (S1-06)
Ne dajajte aspirina vevericam in belim kitom#
Pri raziskavi proteoma navadne veverice iz Tivolija smo uspešno sekvencirali naslednje aminokislinsko zaporedje, ki ustreza enemu pomembnemu motoričnemu proteinu:
MDHAEENEILAATQRYYVERPIFSHPVLQERLHTKDKVSDSIGDKLKQAFTCTPKKIRNI
IYMFLPITKWLPAYKFKEYVLGDLVSGISTGVLQLPQGLAFAMLAAVPPVFGLYSSFYPV
IMYCFLGTSRHISIGPFAVISLMIGGVAVRLVPDDIVIPGGVNATNGTEARDALRVKVAM
SVTLLSGIIQFCLGVCRFGFVAIYLTEPLVRGFTTAAAVHVFTSMLKYLFGVKTKRYSGI
FSVVYSTVAVLQNVKNLNVCSLGVGLMVFGLLLGGKEFNERFKEKLPAPIPLEFFAVVMG
TGISAGFNLKESYNVDVVGTLPLxxxxxANPDTSLFHLVYVDAIAIAIVGFSVTISMAKT
LANKHGYQVDGNQELIALGLCNSIGSLFQTFSISCSLSRSLVQEGTGGKTQLAGCLASLM
ILLVILATGFLFESLPQAVLSAIVIVNLKGMFMQFSDLPFFWRTSKIELTIWLTTFVSSL
FLGLDYGLITAVIIALLTVIYRTQSPSYKVLGQLPDTDVYIDIDAYEEVKEIPGIKIFQI
NAPIYYANSDLYSNALKRKTGVNPAVIMGARRKAMRKYAKEVGNANVANATVIKADAEVD
GEDGTKPEEENDEIKYPPIVTRNTFPEELQRFMPPGNNVHTIILDFTQVNFIDSVGVKTL
AGIVKEYGDVGIYVYLAGCSAQVVNDFTQNRFFENPALKELLFYSIHDAVLGSQVREALA
EQEASVPPPQEDLEPNATPTTPEA
S črko ‘x’ pa so označeni tisti aminokislinski ostanki ki niso bili natančno določeni, poznamo pa naslednje verjetnosti in emisijske signale:
izmerjena emisijska koda: E1, E2, E3, E1, E2
ak ostanek |
verjetnost |
|---|---|
L |
0,2 |
P |
0,1 |
G |
0,7 |
Tabela 1: Iniciacijska verjetnost
ak ostanek |
E1 |
E2 |
E3 |
|---|---|---|---|
L |
0 |
0,3 |
0,7 |
P |
0,2 |
0,7 |
0,1 |
G |
0,8 |
0 |
0,2 |
Tabela 2: Emisijska verjetnost
L |
P |
G |
|
|---|---|---|---|
L |
0 ,4 |
0,6 |
0 |
P |
0 |
0,8 |
0,2 |
G |
0,6 |
0,2 |
0,2 |
Tabela 3: Verjetnost prehodov
podatki v tabelah so izmišljeni le za namen te naloge.
Z uporabo znanih podatkov s pomočjo Viterbijevega algoritma določi najverjetnejše skrito zaporedje.
Poišči homolog tega proteina pri belem kitu (Delphinapterus leucas). Naprej v nalogi uporabi tisti zapis, ki pri blastp ima največji total score.
Kateri je to protein?
Katera STOP kodona sta prisotna v mRNA zaporedju za izoforma X1 in X2 tega proteina?
V ustezni neredundantni podatkovni zbirki poišči lastnosti tega proteina ter njegovega človeškega homologa in odgovori na naslednja vprašanja.
Kakšna je funkcija tega proteina v celici?
Katera je kratica najbolj pogoste bolezni povezane s tem proteinom pri človeku?
Zakaj je ta protein precej pomemben pri kitu?
Koliko transmembranskih vijačnic vsebuje?
Kaj pomeni anotacija Compositional bias v oddelku Family and Domains?
Ta protein še ni dobro anotiran za belega kita. S pomočjo poravnav z dobro anotiranimi zaporedji ugotovi kateri aminokislinski ostanek ima vlogo vezavnega mesta.
Zapiši njegovo enočrkovno kodo in vrstno številko v zaporedju belega kita.
S pomočjo filogenetskega drevesa tega proteina s sedmimi Swiss-Prot recenziranimi homologi iz UniProta, ugotovi kateri je evolucijski najbolj podoben naši veverici. Poišči strukturo tega proteina določeno v kompleksu s salicilatom.
V kakšnem ekspresijskem sistemu in s kakšno metodo je bila določena?
Poišči v izhodiščnem članku iz strukturne biologije kako aspirin vpliva na ta protein.