S01-05

Contents

S01-05#

===

Koda seminarja: S01

Datum izdelave: 2026-05-07

## Pandemija#

—

**Nedavni izbruh Hantavirusa na ladji zahodno od Afrike je v vas vzbudil zanimanje, zato ste se odločili virus natančneje raziskati. Ugotovili ste, da gre za sev imenovan *Andes virus* (ANDV) oziroma Andski virus, katerega genom je segmentiran v tri verige enoverižne RNA. Vsak segment kodira potrebne virusne proteine.**

  • Vaša naloga je da poiščete vse tri genomske zapise za segmente in napišete kako so poimenovani, ter kakšna je njihova dolžina.

  • Zapišite katere proteine kodirajo posamezni segmenti.

  • Za protein, ki ga kodira najkrajši segment zapišite UniProt accession code.

  • Navedite 3 funkcije tega proteina.

—

**Nenaden izbruh bolezni vas spomni na globalno pandemijo koronavirusa, ki je izbruhnila konec leta 2019 oziroma začetek leta 2020. Tudi virusni povzročitelj pandemije *Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2* (SARS-CoV-2) v svojem genomu vsebuje zapis za nukleokapsidn protein.**

  • Poiščite ustrezen protein in ga primerjajte s proteinom iz Andskega virusa. Ali bi ocenili, da sta si zaporedji med seboj podobni? Razložite.

—

**Kodonska uporaba predstavlja preferenčno uporabo določenih sinonimnih kodonov za zapis posamezne aminokisline, kar je povezano z razpoložljivostjo tRNA in učinkovitostjo translacije. Virus, katerega kodonska uporaba je podobna kodonski uporabi gostitelja, lahko učinkoviteje izkorišča celični nabor tRNA molekul, kar lahko poveča učinkovitost translacije virusnih proteinov in posledično prispeva k uspešnejši virusni replikaciji. Zanima vas kateri izmed virus je bolje prilagojen translacijskemu sistemu človeka. To lahko analiziramo preko spletnega orodja CAI oziroma Codon Adaptation Index (dostopno preko [povezave](https://www.biologicscorp.com/tools/CAICalculator/)). Za ekspresijski sistem si izberemo človeka, pod razdelkom Genetic Code Table pa “Standard”.**

  • Kateri izmed virusov je bolje prilagojen translacijskemu sistemu človeka? Razloži.

Contents