<no title>

Med raziskovanjem mikrobnih okužb v biofilmu čistilne naprave so raziskovalci naleteli na neznan bakterijski protein, katerega funkcija v začetni anotaciji ni bila določena. Kljub temu so določene značilnosti aminokislinskega zaporedja nakazovale, da bi protein lahko sodeloval pri procesih bakterijske komunikacije (quorum sensing). Nadaljna analiza je pokazala, da protein izvira iz bakterije *Bacillus thuringiensis* subsp. *kurstaki*.

Zaporedje neznanega bakterijskega proteina:

>neznani\_protein

MTVKKLYFIPAGRCMLDHSSVNSALTPGKLLNLPVWCYLLETEEGPILVDTGMPESAVNN

EGLFNGTFVEGQILPKMTEEDRIVNILKRVGYEPDDLLYIISSHLHFDHAGGNGAFTNTP

IIVQRTEYEAALHREEYMKECILPHLNYKIIEGDYEVVPGVQLLYTPGHSPGHQSLFIET

EQSGSVLLTIDASYTKENFEDEVPFAGFDPELALSSIKRLKEVVKKEKPIIFFGHDIEQE

KSCRVFPEYI

Vaša naloga je, da s pomočjo bioinformatskih orodij razkrijete naslednje informacije:

1. Najverjetnejšo identiteto proteina

2. S pomočjo spletnih orodij določite glavne funkcionalne domene in proteinske družine analiziranega proteina.

3. Določite njegovo osnovno biokemijsko funkcijo, povejte tudi, do katere molekule kaže največjo aktivnost, ter na kratko odgovorite, kako hidroliza AHL molekul vpliva na bakterijsko komunikacijo.

4. Ali protein za svoje delovanje potrebuje kofaktor ali kovinski ion? Če da, katerega?

5. Razmislite, kako bi na delovanje proteina vplivali točkovni mutaciji D108N in F107W, obrazložite svoje ugotovitve.

6. Protein je v InterPro poleg drugih uvrščen tudi v metallo-beta-lactamase superdružino. Ali to pomeni, da gre za klasično beta-laktamazo?

7. Na podlagi vseh rezultatov ocenite, ali bi bil ta protein lahko uporaben za zaviranje bakterijske komunikacije v medicini? Utemelji.

Contents