Analiza proteina p63

Analiza proteina p63#

  • Datum izdelave: 2026-05-07

  • Koda seminarja: S1_03

Naloga#

Naloga 1#

Poišči zapis za proteina p53 in p63 pri človeku. Za aminokislinski zaporedji naredi posebej globalno in lokalno poravnavo:

  • globalna poravnava (algoritem Needleman-Wunsch oz. Needle (EMBOSS))

  • lokalna poravnava (algoritem Smith-Waterman oz. Water (EMBOSS))

Kolikšen je delež podobnosti pri lokalni oz. globalni poravnavi?

Poravnavi primerjaj. Katera poravnava bi bila bolj smiselna za ta dva proteina in zakaj?

Z uporabo programa EMBOSS Dotmatcher naredi še točkovni diagram ter primerjaj dobljene rezultate s poravnavami.

Naloga 2#

Poišči vsaj deset zapisov za protein p63 pri različnih organizmih. Naredi poravnavo več zaporedij (MSA) in nato naredi še filogentsko drevo. Filogenetsko drevo naj bo organizirano tako da izvira od človeške verzije p63.

Ali je nastalo filogenetsko drevo smiselno? Kateri organizem ima najbolj podobno zaporedje za protein p63 tistemu iz človeka?

Naloga 3#

Uporabi spodaj podano zaporedje za protein p63 iz organizma Danio rerio ter z uporabo programa Swiss Model naredi model strukture. Strukturo nato s programom za vizualizacijo proteinov primerjaj s strukturo človeškega p63 s PDB kodo 1RG6 (prva struktura v ansamblu NMR).

MLYLETNAPSSYSEPQYTSLGLLNSMDQNGGSTSTSPYNNDHAQNNVTAPSPYAQPSSTF
EALSPSPAIPSNTDYAGPHTFDVSFQQSSTAKSATWTYSTELKKLYCQIAKTCPIQIKVL
TNPPQGAVIRAMPVYKKAEHVTEVVKRCPNHELSREFNDGQIAPPSHLIRVEGNSHAQYV
EDSITGRQSVLVPYEPPQVGTEFTTILYNFMCNSSCVGGMNRRPILIIVTLETRDGQVLG
RRCFEARICACPGRDRKADEDSIRKQHVTDGTKSSEAFRQASSHLSQLNSIKKRRSTDEE
VFCLPIKGREIYEILVKIKESLELMQFLPQQTIESYRQQQQNLLQKQSSLPPQPAFGSSS
PTLGKNKLPSVSQLINPQQRNALTPSGMPGGLTDSLLQSQPFPLPSVTPPMMGGPVPMNT
DLSSLSPNNPLQSQLQMVPSSHCTPPPPYPMDNSISSFLLRLGCSACLDYFTAQGLTNIY
QIENYNLEDLSRLKIPTEFQHIIWKGIMEYRQTMEFSPPPHILRTSSGTSLVSVGSTEAR
SERVIDAVRFTLRQTISFPPRDDWTDFSFDLAPDSRRNKQQRIKEEGE

Koliko modelov je program sestavil?

Ali kateri od modelov iz SWISS-MODEL pokriva celotno zaporedje? Katero območje pokriva največji model?

Contents