# S01-02
Datum izdelave: 2026-05-07
Koda seminarja: S01-02
## BIOKEMIK - DETEKTIV PRI UMORU POGLAVARJA#
**Si del humanitarne odprave v tropskih krajih**, kjer si nenadomestljiva opora medicinskemu timu pri opravljanju biokemijskih preiskav humanih bioloških vzorcev s terena. Tam vladajo težke razmere in zaradi hude lahkote in pomanjkanja resorjev pogosto pride do spopadov med vaškimi plemeni. Ravno zadnjo noč odprave zaslišiš krike in kaj hitro ugotoviš, da je bil glavni poglavar plemena v vaši vasi umorjen. Ostali se poženejo v tropski gozd za storilcem, ti pa imaš drugačen namen. **Ker si se vedno želel/-a iti detektiva in imaš potrebno znanje, se odločiš, da opraviš preiskave bioloških sledi.** Dobra novica zate je, da zaradi nedotaknjenosti lahko odvzameš biološke sledi. **Po protokolu odvzameš 3 še sveže vzorce krvi** (enega s trupla in dva, ki se nahajata v neposredni bližini in sumiš, da bi lahko pripadala odgovornemu morilcu zaradi krvave sledi). **Pošlješ jih v domač laboratorij in po vrnitvi opraviš raziskave**, kot je opisano v nadaljevanju.
1. Za začetek te čaka uganka, *katere rešitve ti morda v nadaljevanju pridejo prav.* :)
>SeqAK
MINIRKTHPLMKIVNNAFIDLPAPSNISSWWNFGSLLGICLILQILTGLFLAMHYTSDTM
TAFSSVTHICRDVNYGWIIRYMHANGASMFFICLFIHVGRGLYYGSYTFLETWNIGVILL
FTVMATAFVGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTNLVEWIWGGFSVDKATLTRFFA
FHFILPFIITALAMTHLLFLHETGSNNPTGIPSDMDKIPFHPYYTIKDILGMLLLILILM
LLVLFMPDLLGDPDNYTPANPLSTPPHIKPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVLALALSILV
LTLMPLLHTSKQRSMMFRPLSQCLFWILVADLLTLTWIGGQPVEHPFITIGQLASIMYFS
LILVLMPAASMIENNLLKW
* Ugotovi, za kateri protein kodira dano aminokislinsko zaporedje in kateremu organizmu pripada.
* Bi zaporedje nukleotidov za to aminokislinsko zaporedje lahko izolirali iz *jedrne* DNA?
* Zapiši navidezno molekulsko maso tega proteina v [kDa].
* Kje si bil/-a na odpravi na podlagi podanega aminokislinskega zaporedja? V pomoč naj ti bosta uporaba svetovnega spleta in podatek o *endemičnosti* vrste.
* Iz predavanj se spomniš na protein citokrom c. Odloči se, ali bi bilo za pregled evolucijske sorodnosti med proteinoma smiselno narediti globalno ali lokalno poravnavo, jo pripravi, razmisli o smiselnosti in komentiraj rezultate.
2. Izoliral/-a si DNA za **HBB** (podenoto beta za hemoglobin) in opravil/-a sekvenciranje. Spodaj so podani rezultati za vsa tri zaporedja (podane so zgolj kodirajoče regije), enaki podatki so podani tudi v ločeni prilogi ***S1-02-vhodna-zaporedja.md***.
>Seq1
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAG
TTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGG
GGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGT
GCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACT
GTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCA
TCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAAT
GCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
>Seq2
ATGGTNCAYYTNACNCCNGTGGAGAAGTCYGCYGTNACNGCNCTNTGGGGYAAGGTNAAYGTGGATGAAG
YYGGYGGYGAGGCCCTGGGCAGNCTGCTNGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTNGANTCNTTYGG
GGATCTGNNNACNCCNGANGCAGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGT
GCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACT
GTGACAAGCTNCAYGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTNCTNGGCAACGTGYTNGTCTGYGTGCTGGCCCA
TCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCANGCNGCCTATCAGAAAGTGGTNGCTGGTGTNGCTAAT
GCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
>Seq3
ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGGCAAGGTGAACGTGGATGAAG
TTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGG
GGATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAAGTGCTCGGT
GCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACT
GTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCCTGGGCAACGTGCTGGTCTGTGTGCTGGCCCA
TCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGCAGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAAT
GCCCTGGCCCACAAGTATCACTAA
* Na podlagi danih zaporedij *naredi poravnavo* in ugotovi, če je s tvojo raziskavo sploh smiselno nadaljevati (si uspel/-a pridobiti tudi vzorec od koga drugega kot od umorjenega poglavarja?).
Pri tej nalogi ti svetujem uporabo orodja [NESPript](https://nespript.ibcp.fr/ESPript/NESPript/). Navodila za njegovo uporabo najdeš v priponki.
* Nanašujoč se na prejšnje vprašanje: kako se razlika v genskem zapisu *odraža na funkciji HBB*? NAMIG: pomagaj si z orodjem *BLASTn* in dobljenimi zadetki. Za orientacijo naj ti bo v pomoč opazovanje na 7. kodonu (6. če ne šteješ start kodona).
* Kaj pomenijo oznake Y in N v zaporedju *Seq2*? Kaj bi lahko bil **vzrok**, da so navedene namesto običajnih baz, ki jih pričakujemo v DNA-zaporedju?
* *Podaj aminokislinsko zaporedje* za HBB iz obeh vzorcev, če privzameš točkovno mutacijo na 7. (6.) kodonu in *mutacijo eksplicitno zapiši*.
* V vzorcu dva si ločeno poskevenciral/-a še en fragment (*Seq4*), ki te na prvo žogo preseneti. Kaj si odkril/-a?
>Seq4
ATAACAAAATTGAACAAGTCAGAATTTTGTTCTTTTTTCTTATTTTGGCTTAGTTACGATTAATAGGAGT
AGCTTGGGGGCATTTGTATTCAGATGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTTCTGGAGACAAGCAACTGCGA
AAGCATTTGCCTAAAATACTTCCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGAGTGAAGACGATCAGATACCGT
CGTAATCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGTGTTGGATGATAGAGTAAAAAATAAAAGAGACATTCAT
ATGAGTGTTTCTTTTAGATAGCTTCCTTCAGTACCTT
* Svojo ugotovitev ***poveži z evolucijo in to tezo podkrepi z 1 znanstvenim člankom***, ki ga poišči na *PubMed-u*. Zanj zapiši samo PMID.
Kljub svoji zagnanosti in ugotovitvam žal na koncu z njimi nisi mogel/-a pomagati nikomur, saj ti storilca zaradi pomanjkanja drugih bioloških sledi nisi mogel/-a identificirati , niti ga niso izsledili. A kljub temu te to ne ustavi. S svojo raziskavo si potešil/-a svojo skrito željo po prelevitvi v detektiva. Na odpravi si spoznal/-a popolnoma drugačen svet iz prve roke, ki te je mnogo naučil in ti odprl pogled v povsem drugi luči, hkrati pa si po povratku utrdil/-a uporabo različnih računalniških orodij, katera so v biokemiji nepogrešljiva. **Vse skupaj ti je dalo zagon, da v bodoče raziskuješ s samo še večjo mero zagnanosti in vedoželjnosti.**