DIGITALNI LABORATORIJ#
V vinski mušici (ang. Fruit fly) je proteaza, ki igra pomembno vlogo pri njenem imunskem odzivu. Kodira jo gen MP1. Najdi protein, zapiši UniProtID in njegovo celotno ime.
Protein bi radi pripravili v laboratoriju, za nadaljnje raziskave. Katere ione moramo uporabiti, da bomo imeli aktiven encim?
Katere aminokisline so vključene v aktivno mesto? Napiši tričrkovne kode in na katerih se nahajajo. Na podlagi teh aminokislin ugotovi, v katero skupino proteaz spada ta encim?
Poleg tega so za pripravo aktivnega encima zelo pomembne tudi posttranslacijske modifikacije. Poišči med katerimi aminokislinskimi ostanki v strukturi se nahajajo disulfidne vezi in določi, kateri ak. ostanek je glikoziliran.
Protein ima več izoformnih oblik. Ugotovi, koliko jih je in za varianto A zapiši dolžino ak. zaporedja in molekulsko maso (v kDa).
Kakšen naboj ima varianta A pri pH 5, pomagaj si z izračunom izoelektrične točke(Protparam)?
Iz koliko baznih parov je sestavljena kodirajoča regija mRNA za varianto A? Napiši kako bi iz tega podatka izračunal število ak, ki sestavljajo to izoformno obliko proteina. Napiši tudi rezultat.
Za varianto A poščite najbolj podobno serinsko proteazo v človeku z najmanjšo E vrednostjo in napišite njegov GenBank ID.
Koliko preglednih člankov v naslovu katerih je transmembranska serinska proteaza(transmembrane serine protease) je bilo objavljenih med leti 2020 in 2025? Koliko od teh ima prosto dostopno celotno besedilo?
V uniprotu poišči zapis za mioglobin pri divjem puranu (ang. wild turkey) in noju (ang.common ostrich. Naredi globalno poravnavo in izpiši procent identičnih in podobnih aminokislin in vrednost poravnave. Naredite sequence logo in prilepite sliko.