Naloga

Naloga#

1. Izbira in prenos sekvenc#

  • Poiščite beljakovino lizocim (lysozyme C) v zbirki UniProt za naslednje organizme:

    • Homo sapiens (človek),

    • Gallus gallus (kokoš),

    • Poiščite beljakovino beta laktamazo za organizem:

    • Escherichia coli (Beta-lactamase TEM).

  • Poiščite beljakovino defenzin za organizem:

    • Homo sapiens (hBD-1).

2. Domena in funkcijska analiza (InterPro)#

Za vse 4 beljakovine:

  • Preverite prisotne domene in družine.

  • Ugotovite, ali vsebujejo signalne peptide.

  • Zapišite, katere domene so skupne in katere so unikatne.

3. Fizikalno-kemijske lastnosti (ProtParam)#

Za vsak protein (brez signalnega peptida) izračunajte:

  • Število aminokislin (dolžina sekvence),

  • Molekulsko maso,

  • Izoelektrično točko (pI),

  • Stabilnost proteina (index instability),

  • Hidrofobnost (GRAVY score).

Primerjajte lastnosti defenzina in lizozimov. Razmislite, kako so povezane z njihovo biološko vlogo (npr. stabilnost v različnih okoljih).

4. Sekvenčna poravnava#

a) Globalna poravnava

  • Človekov lizozim vs. kokošji lizozim.

  • Človekov lizozim vs. defenzin.

b) Lokalna poravnava:

  • Človekov lizozim vs. bakterijski lizozim.

  • Človekov defenzin vs. kokošji lizozim.

Za vsako poravnavo zapišite:

  • Identiteto (%),

  • Podobnost (%),

  • Število vrzeli,

  • Biološko interpretacijo (ali imajo ohranjene antimikrobne regije?).

5. Dodaten izziv (izbirno)#

Preverite zapise za enega od proteinov tudi v GenBank. Ali obstajajo transkripcijski variantni zapisi? Kaj razberete iz annotations? Lahko prilepite povezavo do zapisa.