Analiza neznanega nukleotidnega zaporedja#
Prejeli ste nukleotidno zaporedje, ki zapisuje za neznani protein. S pomočjo uporabe spletnih orodij odgovorite na vprašanja.
atggaac ccaccgcgcc aaccggtcag gcccgggcgg cggccaccaa gctgtcggaa gcagtgggag ccgcgctaca agagccccag aggcagcggc gcctggtgct ggtcatcgtg tgcgttgcac tgttactgga caacatgttg tacatggtca tcgtgcccat tgttcccgac tatatcgctc acatgcgcgg gggcagcgag agccctaccc tgatttctga ggtgtgggaa cccaccctgc cgccgcccac tctggctaat gccagcgctt acttggccaa cacttcggcg tccccgacgg ctgccgggtc ggctcggtca atcctgcggc ctcgctaccc cacagaaagt gaagatgtga agataggcgt gctatttgcc tccaaggcca tcctgcagct tctggtgaac cccttaagcg ggcctttcat tgatcgcatg agctacgacg tgccgctgct tattggcctg ggcgtcatgt tcgcctccac agtcatgttt gcctttgcag aagactatgc cacgtttttc gctgcgcgca gtctacaagg cctcggctca gccttcgcgg acacgtctgg cattgccatg atcgccgaca agtatcccga ggagcctgag cgcagtcgtg ctctgggcgt ggcgctagcc ttcatcagct ttggaagcct agtggcgcca ccgtttgggg gcatcctcta cgagttcgcg ggcaagcgtg taccctttct agtgctcgcc gctgtgtccc ttttcgacgc gctcctgctc ctggcggtgg ctaagccttt ctcagctgcg gctcgggcgc gggccaacct gcccgtgggc acacctatcc atcgcctcat gctagaccct tacatcgctg ttgtagccgg agcgctcaca acttgtaaca ttccccttgc gtttctcgag cccaccatag ccacgtggat gaagcacaca atggcggcat ccgagtggga gatgggcatg gtttggctgc cggctttcgt gccacacgtg ttaggcgtct atctcaccgt gcgtctagcg gcgcgctatc cacacctgca gtggctgtat ggcgctctcg ggctagcggt aatcggagtg agctcttgcg tcgtacctgc ctgccgatcc ttcgcgccct tagtggtctc gctctgcgga ctctgcttcg gcatcgcgtt ggtggacacg gcgctcctac ccacgctcgc ctttctggtg gacgtgcgcc acgtatcagt ctatggcagt gtctatgcca tagctgacat ctcctattct gtggcctacg ctctcgggcc catagtagca ggccatatcg ttcactcact tggctttgag cagctcagcc ttggcatggg cctggccaac ctgctctacg caccggtcct attgcttttg cgcaatgtag gcctccttac acgctcgcgt tccgagcgcg atgtgttgct tgatgaaccg ccgcagggtc tgtacgacgc ggtgcgcctg cgtgaggtgc agggcaagga cggcggtgaa ccttgtagcc cgcctggccc ttttgatggc tgtgaggacg actacaacta ctactcccgc agctag
Poiščite za kateri protein gre in v katerem organizmu se nahaja.
Koliko preglednih člankov z iskanim proteinom v naslovu in/ali povzetku obstaja (uporabi kratico za ime proteina)? Katerega leta je bilo objavljenih največ takih člankov?
Naštejte posttranslacijske modifikacije, če jih ta ima.
Ali veže kakšen ligand? Če ga, katerega?
Katera domena se nahaja v proteinu? Od kod do kod sega?
V laboratoriju želimo ta protein izolirati, pri tem uporabimo pufer s pH=7.3. Kakšen ionski nosilec moramo uporabiti?
S katerimi drugimi proteini interagira neznani protein? Naštej funkcijo vsaj treh.
Ali ima neznani protein znano strukturo? Če jo ima, napiši PDB id, sicer poišči zano strukturo sintetično pripravljenjega ortologa (in zapiši PDB id). V katerem organizmu se najhaja ortolog? Kateri ekspresijski sistem je bil uporabljen?
Ortolog ima za potrebe eksperimenta na N in C koncu vezana dodatna zaporedja. Kaj predstavljajo? Koliko aminokislinskih ostankov je na posameznem koncu?
Kaj je vezano v strukturo?
Primerjaj strukturi ortologa in izhodnega proteina - dodaj sliko superpozicije. Kolikšna je razdalja med N končnima deloma med obema strukturama?