Naloga

Naloga#

V laboratoriju smo med čiščenjem zamrzovalnika naleteli na epruveto z označbo “hrček – vranica”, ki jo je očitno pustil nekdanji sodelavec. Izkazalo se je, da vsebuje fragment proteina zlatega hrčka, ki ga je preučeval v okviru starega projekta. Ker dokumentacije ni bilo veliko, smo se odločili, da pogledamo, za kaj pravzaprav gre – in kmalu ugotovili, da je fragment dovolj zanimiv, da si zasluži nadaljnjo analizo. To zaporedje je bilo: SEFSGDDSFTIVNENTGKCIQPLSDWIVAQDCSETRSMLWKWVSQHRLFHLESQKCLGLDM TKAADNLRMFRCDSSVLLWWKCEHHSLYSAAHYRLDLKDGYATASTNSSAVWKKGGSKEN LCDQPYREIYTRDGNSYGRPCEFPFLVGETWHHDCIRDENHSGPWCATTLNYEYDQKWGI CLKPESGCEGNWEKNEQIGSCYQFNNQEVLSWKEAYVSCQNQGADLLSIHSAAELAYITGK EDIARIVWIGLNQLYSARGWEWSDFKPLKFLNWDPGTPSAPMIGGSSCARMDTETGLWRS VSCEAQQPYVCKKPLNNTVELPDVWTYSDTHCDVGWLPQNGFCYLLANESGPWDAAHLK CKAFGGDLISIHSLADVEVVVTKLHSGDVKEEIWTGLRNVNSPTLFQWSDGTEVTLTYWNEN EPSVPYNKTPNCVSYLGKLGQWKVQSCEKKLRYVCKKKGEITNDTRSDKLCPPDEGWKRH GETCYKIYENEVPFGTNCNLTITSRFEQEFLNDMMKKYDKSFQKYFWTGLRDADARGEYSW AATGGLKQAMTFSNWNFLQPASPGGCVAMSTGKTLGRWEVKSCRSFRALSICKKMSGPQE PEEATPKPDEPCPEGWHTFPSNLSCYKVFHIERTVRRRTWEEAERFCQALGAHLPSFSHM NEVKEFLHLLQDQFSVQRWLWIGLNKRSPDLQGSWQWSDRTPVSTVIMHREFQQDYDVR DCAAIKVLDNAWLRTWYYYDERKFGYLKPFSCDAKLDWVCQIPKGSTLQVPDWYNPERTGI HGPPVIIDGSEYWFVEEPRLNYEEAVLYCASNHSFLATITTFTKLKAIRGKMENLSGEEQKW WVKANANPIDHYFLRTRPLWHRFSMLLDEECLQMSAKMWHLDLNKRADCNDKLPFVCEKY NVSSLEKYSPDSAAKVQCTGKWIPFQNKCFLKVKSEPVTFSQASSTCHTYGGTLPSVLSKS EQDFIISLLPEMETSLWIGLRWTAYDRISKWTDGRNLTYSNFHPLLVGRRLSIAAYFIDEESHY HCALMLNLRKSPLTGTWNFTSCSERHSLSLCQKYSENEDGRPWETNSETVKYLNNLYKIISK PLTWHGALKECLNENMRLVSITDPYQQAFLSVQATLRNTSFWIGLSSQDDELNFGWSDGTY LHFSNWAVDNEKLDDCVILDTDGFWKTADCDENQPGAICYYPGNETSKEVRPLNSAKCPSP AQSTPWVPFQNSCYNFMITKNRHRTITQKEVHSLCQKLHSKAQILSIRNEEENNFVVEQLLY FNYIASWVMLGVTYENNSLMWFDKTALSYTHWRAGRPAVKNHKFLAGLSTDGFWDIQSFN VIDETLHFYQHSILACKIEMVDYKEERNSTLPEFIPYEDGVYNVIQKRVTWYQALSMCSQSG RHLASVHNPKEQLFLEDIVNRDGFPLWVGLSSHDGSESSFEWSDGSAFDYIPWKSQGSPG NCVILDPKGTWKHENCLSVKDGAICYKPTKFKELASHAHSSKCPLVKRNGSQWVQYGDHC YSAEQALHTFAEAKKLCQELDHSATVVTIADENENKFVSRLMRENYNITMRVWLGLSQHSLD QSWSWLDGLDVTFVKWENKSKNGDGKCSILIASNETWKKVECSRGYARVVCKVPLSPD

  1. Za kateri protein najveretneje gre. Navedi ime proteina.

  2. Poišči, če obstaja tudi isti protein pri človeku. Išči po bazi eksperimentalno določenih struktur. Izmed proteinov z najvišjo vrednostjo Query Cover, izberi protein, ki je bil določen pri večji ločljivosti.

  3. Kje je največja regija, ki je znanstveniki eksperimentalno niso mogli zmodelirati (N-konec, v sredini, C-konec). Napiši, od katerega do katerega aminokislinskega ostanka ta regija sega.

  4. Kateri ligandi so kovalentno vezani v naši PDB strukturi? Preko katerih aminokislinskih ostankov so vezani (glede na številčenje vUSCF Chimera/Molstar)? Ali so vezani ligandi pričakovani glede na domene v proteinu?

  5. Pri katerih procesih v celici sodeluje iskani protein?

  6. Kje v proteomu je zapisan gen za protein?

  7. Protein ima modificirane ostanke. Kateri so modificirani ostanki in kje se nahajajo?

  8. Koliko izoformnih produktov lahko dobimo z alternativnim izrezovanjem.

  9. Zanima nas v vodi topen del proteina, ki predstavlja večji delež celotnega proteina. Kakšna je razlika v ekstinkcijskem koeficientu med tem delom proteina, če so vsi cisteini oksidirani ali vsi cisteini reducirani.

  10. Ker imamo nečist vzorec smo se ga odločili izolirati. Kakšen ionski izmenjevalec bomo uporabili, če želimo izolirati celoten protein pri pH 6.8?

  11. V našem proteinu imamo več ponavljajočih domen. Zanima nas ohranjenost domen, zato poglejte, kateri aminokislinski ostanki so v teh domenah najbolj ohranjeni. Zanima nas ime in tričrkovna oznaka aminokislin in ne mesto v zaporedju. Kot odgovor dodaj še WebLogo sliko poravnav in iz nje poišči odgovor.

  12. Ali podatki iz baze UniProt (kot so funkcijske domene, transmembranske regije, neurejene regije) potrjujejo napovedane strukturne značilnosti, prikazane v PAE grafu iz AlphaFold?

  13. Preko UniProt dostopaj do zaporedja za mRNA našega proteina, v primeru, da imaš na voljo več referenčnih sekvenc, izberi prvo. Katero signalno regijo lahko najdemo v zapisu, poleg signalnega peptida. Kakšno je njeno zaporedje?