Protein meseca maja

Protein meseca maja 2025 je PDB razglasil pomemben protein, ki ga najdemo tako v algah kot višjih rastlinah. Njegova funkcija je nujna za pravilno delovanje določenega celičnega organela pri teh organizmih.

Kateri protein je protein meseca maja leta 2025 na pdb? Kje v celici ga najdemo? Kaj je njegova funkcija? S katero metodo so določili strukturo proteina, zakaj ravno z njo? Po funkciji imamo v mitohondrijih njim podobmne proteine, kateri so ti proteini? Katere regije vežejo GTP? Katere kofaktorje potrebuje, kje ga veže (na katerem mestu in aminokislinskem ostanku)? Katero prepoznavno/vezavno mesto (motiv) ima protein? S katerimi proteini omogoča ta motiv vezavo?

Poišči sorodne proteine in naredi poravnavo. Razvrsti jih po identičnosti zaporedja, izberi naslednje organizme (izmed teh organizmov izberi po samo en protein na organizem, ki ima največje ujemanje): Tetrabaena socialis, Haematococcus lacustris, Volvox africanus, Riccia fluitans, Asparagus officinalis, Musa acuminata AAA Group, Ananas comosus. Iz matrike identičnosti (percent identity matrix) poišči najmanj in najbolj podobna proteina, napiši % identičnosti proteina. Ali je struktura najmanj podobnega proteina eksperimentalno določena?

Katero prepoznavno/vezavno mesto (motiv) ima protein? S katerimi proteini omogoča ta motiv vezavo? Napiši ime in PDB kodo proteina. Ali v ortologu proteina pri A. thaliana najdemo kakšne modificirane AK ostanke?