RNaza Z – analiza strukture in funkcije encima#
Navodilo za reševanje naloge#
V tej nalogi boste raziskovali encim RNazo Z, pomemben za procesiranje tRNA molekul. Vaša naloga bo pridobiti podatke o zaporedju, funkciji, domenskih strukturah in tridimenzionalni zgradbi tega proteina ter jih analizirati s pomočjo različnih bioinformatijskih orodij.
Koraki:#
Uvod:
Koliko člankov vsebuje RNazo Z?
Koliko od teh člankov je preglednih in ima prosto dostopno besedilo?
Identifikacija proteina:
V zbirki UniProt poiščite človeški protein RNazo Z (znan tudi kot ELAC2). Podajte njegov UniProt ID, dolžino zaporedja in osnovne funkcije.
Kateri ion je ključen za delovanje tega encima?
V katerih organelih se nahaja?
Analiza zaporedja:
Zapišite dolžino mRNA za RNazo Z.
Koliko triptofanov vsebuje zapis za ta protein brez signalnega peptida?
Poiščite homolog RNAze Z v gorili (lat. Gorilla Gorilla Gorilla). Navedite oceno globalne poravnave obeh proteinov in število evolucijskih točkovnih mutacij.
Strukturna analiza:
Poiščite PDB ID človeške RNaze Z z najvišjo ločljivostjo.
Navedite metodo, s katero so odkrili strukturo, in ekspresijski sistem, v katerem so izrazili ta protein.
Evkariontska RNaza Z ia 2 obliki: daljšo (ELAC2) in krajšo (ELAC1). Glavna vloga ELAC2 je procesiranje 3’ konca med zorenjem tRNA, ELAC1, pa sodeluje pri recikliranju tRNA. V ChimeriX naredi superpozicijo teh dveh človeških RNaz Z. ID poiščite v UniProtu.
Funkcionalna analiza:
Primerjajte domeno, ki je prisotna v ELAC1 in ELAC2 ter navedite dolžini.
Sorodnost:
V UniProtu poiščite vse anotirane ELAC2 in iz njih izrišite filogenetsko drevo v phylo.io.