Naloga

Znanstveniki so določili strukturo proteina z zaporedjem:

MPFYDSRPPEGWPKGSINDMDYPLLGSICAVCCVFVAGSGIWMLYRLDLGMGYSCKPYKSGRAPEVNSLSGIICLLCGTMYAAKSFDFFDGGGTPFSLNWYWYLDYVFTAPLLILDFAFTLDLPHKIRYFFAVFLTLWCGVAAFVTPSAYRFAYYALGCCWFTPFALSLMRHVKERYLVYPPKCQRWLFWACVIFFGFWPMFPILFIFSWLGTGHISQQAFYIIHAFLDLTCKSIFGILMTVFRLELEEHTEVQGLPLNEPETLS

1. Kateri protein je to? V katerem organizmu se nahaja? Koliko 3D struktur tega proteina so določili? Kakšna je razlika med njimi?

2. V katerem ekspresijskem sistemu je bil protein izražen?

3. Kako so protein označili za lažje očiščenje pred analizo? (upoštevaj ekspresijski sistem)

(Namig: če odgovora ne najdeš drugje, se skriva v izhodiščnem članku (metode))

4. Kolikomeren protein je to? Kako ste to ugotovili?

5. Kateri ligandi so bili prisotni v strukturi?

6. Ko so proteinu določali strukturo, so naleteli na težavo (v povezavi z odgovorom na zadnje vprašanje pri a), razlog za težavo se skriva na koncu uvoda izhodiščnega članka). Da bi se ji izognili, so mu uvedli mutacijo. Katero?

7. Ali lahko ta protein najdete v UniProtu? Če da, navedite njegov UniProt ID, drugače pa poiščite njemu najbolj podoben dobro anotiran protein. Navedite ime tega proteina in njegov UniProt ID.

(Namig: uporabi PSI-blast)

8. Kakšna je funkcija tega proteina? V čem je podobna obravnavanemu proteinu?

9. Katera poravnava je bolj primerna za primerjavo zaporedij teh dveh proteinov (globalna/lokalna)?

10. V članku, kjer so opisali strukturo tega proteina, niso navedli načina predvidenja same strukture proteina, s pomočjo katere bi lahko v programu Coot pri analizi elektronske gostote določili pravo strukturo proteina. Kako bi vi predvideli strukturo, kaj bi uporabili kot model? Utemeljite.

(Namig: še enkrat poglejte izhodne podatke pri prvem vprašanju. Morda najdete kakšno nemutirano že znano strukturo … ali pa se odgovor skriva med podatki v PDB. Za utemeljitev vašega odgovora lahko uporabite tudi AlphaFold … poravnave (MatchMaker) v Chimeri …)