Bioinformatska analiza fuzijskega proteina eS31 pri veliki ličinki nočnega metulja.

Velika ličinka nočnega metulja (Manduca sexta) je modelni organizem, pogosto uporabljen v raziskavah razvoja, nevrobiologije in imunosti. Med svojo preobrazbo iz gosenice v metulja doživlja izjemne biološke spremembe, ki vključujejo množično restruktoriranje tkiv, odmiranje celic in sintezo novih beljakovin. Ribosomalni protein ubikvitin z oznako eS31, ki je prisoten v tem organizmu, ima pomembno vlogo, da označuje napačno zvite proteine za razgradnjo in s tem ohranja celično ravnovesje.

1. Poišči v UniProt-u ID ribosomalnega proteina ubikvitina pri ličinki nočnega metulja (lat. Manduca sexta) in dolžino ter molekulsko maso.

2. Kolikšna je izoelektrična točka tega proteina in kakšen je indeks nestabilnosti. Določite število ostankov aminokisline Aspargin (N) v danem zaporedju ter izračunajte, kolikšen odstotek predstavljajo med vsemi aminokislinami v tem proteinu?

3. Ali ima ribosomalnega proteina ubikvitina kakšno znano funkcionalno domeno. Če jo/jih ima zapiši katere so?

4. Ali ima človek homolog proteina eS31, ki je pri ličinki nočnega metulja izražen kot fuzijski protein z ubikvitinom, in če da, ali sta si aminokislinska zaporedja popolnoma podobna? Zapiši ID PDB tega proteina in kako je bil ta protein eksperimentalno določen?

5. Koliko preglednih člankov je objavleno na to temo proteina eS31 in kdaj oz. katerega leta je bil objavljen prvi članek?