Naloga

Vaša naloga je poglobljeno raziskati strukturo, funkcijo in interakcijo človeškega proteina ZFP62. O proteinu je znanega zelo malo, v članku je omenjen kot potencialna tarča za zdravilo proti COVID-19. Povezan pa naj bi bil tudi s staranjem možganov.

1. Identifikacija proteina in domenska zgradba Pridobi aminokislinsko zaporedje, kje v celici se nahaja, naštej domene in funkcijo domen Koliko C2H2 cinkovih prstov ima ZFP62? Katere AK ostanki so najbolj konzervirani v motivih? Naredi sequence logo za vse domene, ki imajo C2H2 cinkove prste.

2. Najdi podobno zaporedje z znano strukturo, izberi si tisto, ki je najbolj podobno z ZFP62. Kakšna je PDB koda tega proteina? Naredi superpozicijo tega proteina in ZFP62 v USCF Chimera. Komentiraj rezultate.

3. Kakšne so posttranslacijske modifikacije proteina ZFP62?

4. Poišči, s katerimi drugimi proteini interagira naš protein. Uporabi orodje STRING in komentiraj rezultate. S katerimi proteini naš protein fizično interagira?

5. Kje v proteinu so najbolj fleksibilne regije? Ali je to pričakovano?