Tribble 1: Zločin brez kazni

1. Poišči členek na PubMed-u, pri tem pa v ozir vzemi naslednje zahteve:

• članek objavljen v zadnjem letu,

• gre za pregledni članek,

• članek je prosto dostopen,

• naslov vsebuje besedo »tribble 1«.

2. Koliko člankov ste našli?

3. Zdaj pa kliknite na tistega z najbolj »zanimivim naslovom« ;). Med Kakšne encime spada tribble 1 in zakaj ni uporaben kot zdravilo?

4. Kje v celici se nahaja človeški tribble 1 (imenovan tudi TRIB1)?

5. V katerem ekspresijskem sistemu je bil izražen?

6. Pri tem psevdoencimu se pojavi zanimiva posttranslacijska modifikacija. Kako se imenuje in na katerem mestu se nahaja? Kaj ta modifikacija sploh pomeni?

7. Kako dolga je mRNA, ki kodira človeški tribble 1?

8. Koliko eksonov vsebuje gen za tribble 1 in na katerem kromosomu se nahaja?

9. Ali pri prvem eksonu opaziš kakšen poseben kodon? Na katerem mestu se nahaja in kaj je njegova vloga v regulaciji translacije?

10. Kateri dve pomembni ANOTIRANI domeni vsebuje tribble 1? Poimenuj ju, napiši njun točen položaj in navedi, na kaj se tribble 1 veže prek teh dveh domen.

Od tu naprej se vprašanja nanašajo na protein, ki se veže prek večje domene:

11. Skonstruiraj filogenetsko drevo za ta protein (uporabi vsaj 4 različne organizme). Ali so rezultati smiselni?

12. Kako se imenuje domena, s katero se ta protein veže na DNA? Navedi PDB kodo, ki prikazuje to domeno.

13. Kateri motiv na DNA prepozna ta protein? Uporabi orodje JASPAR (gre za podatkovno bazo, ki vsebuje pozicijsko utežene matrike za vezavna mesta transkripcijskih faktorjev) in primerjaj matriki za človeka (homo sapiens) in miš (mus musculus).

14. Kaj pa o prepoznavnem motivu za ta protein pravi GenBank? Ali opaziš kakšne razlike? Razloži.