Značilnosti KIM-1 in njegova biološka funkcija

Značilnosti KIM-1 in njegova biološka funkcija#

Človeški protein KIM-1 lahko pri povišanih vrednostih nakazuje na poškodbo ledvic. Ima tudi druge pomembne funkcije, predvsem pri interakcijah z virusi.

  1. Na UniProt najdi človeški KIM-1 protein.

  • Navedi priporočeno ime za ta protein in njegov UniProt ID. Interagira lahko s številnimi virusi, naštej 3.

    • Katerega leta je izšlo največ preglednih člankov, ki vsebujejo priporočeno ime tega proteina?

  • Kje lahko zaznamo povišane vrednosti tega proteina v diagnostiki?

  • Na katerih mestih se dogajajo mutacije, ki povzročijo zmanjšanje ubikvitinacije? Kateri aminokislinski ostanek se spremeni v katerega?

  • Koliko aminokislinskih ostankov je dolg KIM-1?

    • Kateri 3 ostanki se največkrat pojavijo?

    • Kakšen izmenjevalec bi izbrali, če bi za protein uporabljali ionsko izmenjevalno kromatografijo pri pH = 8?

    • Podobne proteine najdemo tudi v nekaterih drugih vrstah. V kateri vrsti (razen človeka) najdemo najbolj podoben protein? Zapiši ime vrste in GenBank accession code aminokislinskega zaporedja

  • Človeški KIM-1 ima tudi znano strukturo.

    • S kakšno metodo iz katerih celic je bil protein izoliran?

    • Dolžina zaporedja na UniProt in na PDB ni enaka. Kateri del zaporedja manjka’ in zakaj ga niso vključili v model?

    • Na modelu opazimo nekaj manjših molekul. Katere?

  1. Na kitajskem so izolirali genomski poliprotein človeškega virusa, ki interagira s proteinom KIM-1. Zapiši UniProt ID tega poliproteina. (*namig: išči po taksonomiji glede na virus)

  • Ta protein ima v zaporedju modificiran aminokislinski ostanek. Zapiši ime in enočrkovno oznako ter mesto v zaporedju, kjer se ta ostanek nahaja.

  • Ali bi za izražanje tega poliproteina lahko uporabili bakterijski ekspresijski sistem? Navedi 1 razlog zakaj da oz. zakaj ne.

  • Zapiši GenBank Accession code in dolžino kodirajočega (nukleotidnega) zaporedja za ta protein.

    • Kakšen tip zaporedja je to? (genomska DNA, mRNA…) Kakšen tip virusa je torej to?

    • v kodirajočem zaporedju se pojavi zaporedje ‘’atttctcccg’’. Kje v zaporedju se nahaja? (mesto glede na celotno nukleotidno zaporedje)

  • Kakšen delež AK zaporedja predstavljajo pozitivno nabiti in kakšen delež negativno nabiti AK ostanki?

  • Od katerega do katerega AK ostanka sega SF3 helikazna domena?