Opis naloge

Shizofrenija je dedna bolezen, katere simptomi so halucinacije, apatija, pomanjkanje čustev, slabo socialno funkcioniranje ter kognitivne motnje. Študije so pokazale povezavo med ekspresijo proteina s podanim mRNA zaporedjem in povečanjem tveganja za nastanek shizofrenije.

ATGGCCGGGCAGCACCTCCCGGTACCCCGGCTGGAGGGCGTTTCTCGGGAGCAGTTCATGCAGCACCTCTACCCACAGAGAAAACCTCTTGTGTTGGAAGGGATTGATTTGGGGCCATGTACAAGCAAATGGACAGTGGATTACCTAAGCCAAGTTGGAGGGAAGAAAGAAGTAAAGATTCATGTTGCTGCAGTTGCACAGATGGACTTCATTAGTAAGAACTTTGTATATAGAACTTTACCTTTTGACCAGTTGGTCCAGAGGGCAGCTGAAGAGAAACATAAAGAATTCTTTGTTTCAGAGGATGAGAAATACTACTTACGGTCACTTGGAGAAGACCCTAGAAAGGATGTTGCAGATATCAGAAAGCAGTTTCCTTTGTTGAAAGGAGATATTAAGTTTCCAGAATTCTTCAAAGAGGAACAGTTCTTTTCCAGTGTTTTTCGAATTAGTTCACCAGGATTACAACTATGGACTCATTATGATGTAATGGATAATTTGTTAATACAAGTGACAGGAAAAAAGCGTGTTGTACTCTTCAGTCCTCGAGATGCCCAGTATTTATATTTAAAAGGTACTAAATCAGAAGTACTGAATATAGATAACCCAGACTTGGCTAAATATCCACTTTTTTCCAAGGCTAGAAGATATGAATGTTCCCTTGAAGCTGGTGATGTATTATTCATTCCTGCTTTATGGTTCCATAATGTAATTTCTGAAGAGTTTGGAGTGGGAGTGAATATCTTTTGGAAGCACCTTCCATCTGAATGCTATGATAAAACAGATACCTATGGAAACAAAGATCCTACAGCAGCATCAAGAGCTGCACAAATTCTGGACAGAGCCTTGAAAACACTGGCCGAGTTACCAGAGGAATATAGGGACTTCTATGCACGACGAATGGTCCTACACATTCAAGACAAAGCCTACAGCAAGAACTCTGAGTAA

###Naloga 1

a) Najdi zapis zaporedja v GenBank.

b) Koliko eksonov vsebuje? Kje najdemo ta podatek?

c) Poišči UniProt kodo iskanega proteina.

d) Protein je metaloproteaza, kateri ion veže? Koliko teh ionov veže celoten protein? Kje se nahaja vezavno mesto?

e) Protein imamo v raztopini pri pH vrednosti izoelektrične točke celotnega proteina. Kako je pri takšnem pH nabit ostanek št. 133?

f) Enonukleotidni polimorfizem rs203772 je povezan shizofrenijo, tveganjski alel pa je povezan z višjo transkripcijo gena TYW5 v prefrontalni skorji. V kateri NCBI bazi lahko najdemo podatke za ta polimorfizem?

###Naloga 2

a) Katere domene sestavljajo protein TYW5?

b) Koliko člankov vsebuje ime te domene?

c) Koliko preglednih člankov je izšlo v zadnjih petih letih?

d) Domene JmjN in JmjC se pojavljajo skupaj in verjetno tvorijo eno samo funkcionalno enoto v zviti strukturi proteina, vendar so kasneje domeno JmjC odkrili tudi brez domene JmjN pri organizmih vse od bakterij do človeka. Poišči protein, ki vsebuje obe domeni.

e) Isto domeno vsebuje tudi človeška lizinska histonska demetilaza KDM4. Ali se vezavna mesta pri našem iskanem proteinu in v proteinu KDM4 na katerih mestih pokrivajo?