Dopaminski transporter

Dopaminski transporter#

1.1. Iskanje homologov mišjega dopaminskega transporterja#

Mišji dopaminski transporter (DAT) je transmembranski protein, ki igra ključno vlogo pri ponovnem privzemu dopamina v dopaminergičnih nevronih. V tej nalogi boš iskal homologe tega proteina v drugih organizmih z uporabo spletnega orodja BLASTp.

  1. Poišči aminokislinsko zaporedje hDAT iz javne baze podatkov (npr. UniProt ali NCBI).

  2. Uporabi orodje BLASTp za iskanje homologov tega proteina pri drugih živalih.

  3. Zabeleži in primerjaj naslednje podatke za vsaj tri različne organizme: Ime organizma Identifikacijska oznaka proteina (npr. UniProt ID)

E-vrednost Ali je homolog ali paralog?

1.2. Človeški dopaminski transporter#

  1. Poišči aminokislinsko zaporedje hDAT iz javne baze podatkov (npr. UniProt ali NCBI). Napiši tudi Uniprotid.

  2. Kateri gen kodira zapis za ta protein?

  3. 3’ UTR tega gena vsebuje 40 bp tandemsko ponovitev, imenovano tandemsko ponavljanje spremenljivega števila ali VNTR, ki je lahko prisoten v 3 do 11 kopijah. S čim je povezana razlika v številu ponovitev?

  4. V katerem ekspresijskem sistemu je bil protein pridobljen?

  5. Kateri so inhibitorji in kateri so aktivatorji tega proteina?

  6. Na katerem kromosomu se nahaja zapis za ta protein?

  7. Koliko aminokislinski ostankov je dolg hDAT in koliko jih je anotiranih v PDB (Namig: odpri protein v Mol*)?

  8. Katere sekundarne strukture prevladujejo v proteinu ter iz koliko domen je sestavljen?

  9. Od katerega do katerega ako manjkajo 3D koordinate v strukturi (Namig: pomagaj si z Mol*)?