ČLOVEŠKI UBIKVITININ-KONJUGIRQAJOČI ENCIM IN NJEGOVE INTERAKCIJE

Znanstveniki so odkrili strukture in funkcije človeških ubikvitin-konjugirajočih encimov ter njihovih interakcij z E3 ligazami, ki vsebujejo HECT domeno (Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus). Raziskava se osredotoča na razumevanje molekularnih mehanizmov, ki določajo specifičnost in učinkovitost teh interakcij pri tvorbi ubikvitinskih verig.

1. Poišči ta članek (napiši DOI). Objavljen je bil avgusta 2012.

2. V članku je omenjen protein UBE2R1. Poišči pdb kodo tega proteina. V katerem ekspresijskem sistemu je bil izražen ta protein? S katero metodo in pri kakšni ločljivosti je bila določena struktura? Kakšen pH in temperatura (v kelvinih) sta bila uporabljena pri metodi VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP (kristalizacija vzorca)?

3. Koliko odstotkov nukleotidnega zaporedja predstavlja kodirajoča regija? Koliko eksonov vsebuje nukleotidno zaporedje? Koliko aminokislinskih ostankov je lahko fosforiliranih? Napiši aminokislinsko zaporedje, na katerega se lahko veže SCF.

4. Poišči ta protein v uniprotu. Katera aminokislina se nahaja v aktivnem mestu, zapiši tudi njeno pozicijo. Kje v celici se nahaja ta protein? Kakšna je kemijska formula tega proteina?

5. Ta protein ima tudi svoj inhibitor. Pdb koda kompleksa protein-inhibitor je 3RZ3. Tudi mi želimo konstruirati kompleks protein-inhibitor, vendar s svojim proteinom (s pdb kodo, ki si jo poiskal v 2. nalogi). HINT: Za to uporabi docking, potrebuješ tudi smiles kodo liganda (lahko jo najdeš v pdb-ju). Dodaj posnetek zaslona strukture kompleksa protein-inhibitor. S katerimi interakcijami sta povezana protein in inhibitor?