Zapomni si vse proteine …#
Acph-1 je encim, ki se nahaja v živalskih strupih, predvsem pri kačah in nekaterih drugih strupenih živalih. Gre za kislo fosfatazo, ki katalizira odstranjevanje fosfatne skupine iz različnih molekul. Med drugim jo imajo tudi nekatere vrste sadne muhe. Te izvirajo iz Sredozemlja, razširile pa so se na večino Evrope in Bližnjega vzhoda.
Zadnji članek, ki povezuje encim z iskano vrsto sadne muhe, je bil objavljen leta 2003. Poišči ta članek in odkrij iskano latinsko ime te živalske vrste.
Glede na to, da so kisle fosfataze široka skupina encimov s podobno funkcijo, odkrij, ali najdemo podoben protein tudi pri človeku. Zapiši UniProt ID iskanega encima!
Na katerem aminokislinskem ostanku encima Acph-1 iz iskane mušice je aktivno mesto, ki je ključno za njegovo delovanje v strupu. Ta aminokislinski ostanek deluje kot nukleofil in katalizira hidrolizo fosfatnih estrov. Zapiši ime in pozicijo aminokislinskega ostanka v polipeptidni verigi!
Kako se imenuje domena, v kateri se nahaja iskano aktivno mesto encima iz 3. naloge?
Kakšen je PDB ID iskane domene iz 4. naloge? Če struktura zanjo še ni eksperimentalno določena, najdi PDB ID najbolj podobne domene. S katero metodo je bila struktura določena in v katerih celicah jo najdemo? Iz koliko podenot je sestavljena? Na katerem mestu v zaporedju pa je sedaj aminokislinski ostanek, ki deluje kot nukleofil in katalizira hidrolizo fosfatnih estrov?
Naredi filogenetsko drevo vseh proteinov, ki si jih našel v predhodnih nalogah. Kaj opaziš?