Netopirjev hemoglobin

a) Egiptovski sadni netopir (Rousettus aegyptiacus), je svoje ime dobil po značilni prehrani s sadjem in je vrsta netopirjev, ki jo zelo pogosto najdemo v Aziji in Afriki. Koliko člankov vsebuje v naslovu ta organizem? Koliko izmed teh člankov je na temo kliničnih poskusov?

b) Hemoglobin tega netopirja ima alfa in beta verigo. Znanstveniki so naredili poravnavo s človeškim hemoglobinom. Primerjava je pokazala razliko v 14 aminokislinskih ostankih v alfa verigi in 19 v beta verigi. Glede na filogenetsko razdaljo teh dveh organizmov, je razlika zelo majhna. Poišči beta podenoto hemoglobina netopirja? Zapiši Uniprot ID. Koliko aminokislinskih ostankov tega proteina je modificiranih? Katera poravnava netopirjeve in človeške podenote hemoglobina nam da večji odstotek identičnih aminokislinskih ostankov. Pojasni. Kateri drug oragnizem ima protein, ki je po dolžini enak beta podenoti netopirjevega hemoglobina in ima najvišji odstotek identičnosti?

c) Kaj je funkcija hemoglobina? Kateri aminokislinski ostanek znotraj beta podenote netopirjevega hemoglobina moramo spremeniti, da protein izgubi svojo funkcijo. S pomočjo AlphaFolda najdi predvideno strukturo in te aminokislinske ostanke označi z drugo barvo. Prilepi sliko. Kakšen je naboj aminoskislinskih ostankov netopirjevega hemoglobina v krvi? Kolikšen pa je ekstinkcijski koeficient za ta protein?

d) Netopirji so pogosto prenašalci različnih bolezni. Egiptovski sadni netopirji so naravni gostitelji Marburg virusa, ki napada fagocitične in epitelne celice. Simptomi okužbe so hemoragična mrzlica, odpoved jeter, okužbe možganov in težave s koagulacijo krvi. Najdi celotno kodirajoče zaporedje za protein VP35 iz tega virusa. Za koliko aminokislinskih ostankov kodira ta gen? S katero metodo je bila pridobljena struktura tega proteina? Kateri ekspresijski sistem so uporabili? Iz koliko različnih podenot je sestavljen ta protein?