Naloga

Nekega dne je raziskovalka iskala znanstveni članek, ki bi ji lahko pomagal razumeti delovanje katalitskih protiteles. Spomnila se je, da je naslov vseboval nekaj o “catalytic antibody” in da je bil objavljen leta 2000. Odločila se je, da bo uporabila napredno iskanje v PubMedu, saj je želela čim hitreje najti točno tisti članek. Na srečo je bil članek prosto dostopen.

Naša raziskovalka je želela protein, ki se omenja v članku poiskati še na PDB. Napiši ID kodo njenega proteina. Zdaj, ko smo našli naš željeni protein ugotovi v katerem organizmu se nahaja. Zanima nas še s katero metodo je bil naš protein eksperimentalno določen in pri kolikšni resoluciji. Zanima naš se s koliko polipeptidnih verig je sestavljen. Zanima nas tudi iz katerih in koliko sekundarnih struktur je sestavljena ena polipeptidna veriga.

Želela je izvedeti več o strukturi, funkciji in evolucijskih informacijah tega proteina za kar je uporabila UniProt. Zanima nas kateri ion je potreben v vezavnem mestu. Koliko tehta dimer našega proteina. Koliko disulfidnih mostičkov ima naš protein. želimo še izračunati izoelektrično točko. Ker za ta protein obstaja le avtomatsko anotirano zaporedje (TrEMBL) se je odločila poiskati homologa.

Napiši ID GenBank-a dobljenega najprimernejšega homolognega proteina. Napiši kako dolg je naš homologni protein.

Naš protein in njegov homolog smo želeli primerjati. Na katerih mestih prihaja do razlik?