Vaje 2021/2022

Vaje 2021/2022#

Vaje bodo potekale računalniški učilnici, kjer je že nameščena potrebna programska oprema. Da boste lahko vaje ponovili doma pa si boste morali namestiti nekaj programov, ker je opisano na dnu te strani.

Seznam vaj ni dokončen in bo sproti dopolnjen oz. osvežen.

V01: Uvod, PubMed in BioPython#

Potrebujete: spletni brskalnik.

  1. Uvod:

  2. PubMed (zbirka bibliografskih podatkov):

  3. Uvod v uporabo BioPythona za analizo nukleotidnega zaporedja:

V02: GenBank#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

GenBank (zbirka nukleotidnih zaporedij):

V03: UniProt#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

UniProt (zbirka aminokislinskih zaporedij):

V04: Poravnave (1. del)#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

  1. Točkovni diagram (dotplot):

  2. Matrike zamenjav (substitution matrices):

V05: Poravnave (2. del)#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

Globalna in lokalna poravnava dveh zaporedij:

V06: Iskanje podobnih zaporedij#

Potrebujete: spletni brskalnik.

Iskanje podobnih zaporedij s programom BLAST

V07: Poravnave več zaporedij#

Potrebujete: spletni brskalnik.

Poravnave več zaporedij

V08: Grafi#

Potrebujete: spletni brskalnik, program Cytoscape (+ vtičniki, ki jih bomo namestili na vajah)

Teorija grafov v molekularni biologiji

V09: Strukturna bioinformatika#

Potrebujete: spletni brskalnik, program ChimeraX.

Analiza struktur in modeliranje

Izvajanje vaj doma#

Programiranje#

Pri programiranju boste potrebovali okolje Python. Slednjega imate lahko lokalno nainstaliranega (ponavadi bolj zanesljivo in hitreje), lahko pa uporabljate tudi Python v okviru Google Colab. Zvezki JupyterLab vsebujejo povezavo za poganjanje v slednjem (pri vrhu strani desno, ko imate odprt tak zvezek).

Za programiranje v lokalnem Pythonu si namestite:

  • Python 3 (lahko ločeno, lahko kot del paketa Anaconda, lahko pa tudi skupaj z JupyterLab aplikacijo (spodaj) - kratka navodila so tukaj)

  • JupyterLab (lahko kar prek JupyterLab aplikacije (vsebuje že Python 3), če pa uporabljate Anacondo ga instalirajte od tam, sicer ločeno z uporabo pip - kratka navodila so tukaj)

    • za programiranje lahko sicer uporabljate katero drugo okolje, npr. Python IDLE, v tem primeru si dele kode s te spletne strani enostavno prekopirajte

  • BioPython (spet, če uporabljate Anacondo ga instalirajte od tam (najprej naredite Update index in ga potem poiščite med paketi, ki so na voljo), sicer ločeno z uporabo pip)

Ostali programi#

Potrebovali boste še nekaj drugih programov, ki so sicer navedeni pri posamezni vaji zgoraj, celoten seznam pa je tudi tukaj:

  • ChimeraX za vizualizacijo in analizo makromolekulskih struktur

  • Cytoscape za vizualizacijo in analizo grafov (“mrež”)

  • program za delo z običajnimi tekstovnimi datotekami - primernega zagotovo imate že nainstaliranega (Notepad v Windows, TextEdit v macOS, gedit ali kaj podobnega v Linux, …)

Contents