Vaje 2020/2021

Vaje 2020/2021#

Za izvajanje vaj si na vaše računalnike namestite:

  • Python 3 (lahko ločeno ali kot del paketa Anaconda - kratka navodila so tukaj)

  • JupyterLab (če uporabljate Anacondo ga instalirajte od tam, sicer ločeno z uporabo pip - kratka navodila so tukaj)

    • za programiranje lahko sicer uporabljate katero drugo okolje, npr. Python IDLE, v tem primeru si dele kode s te spletne strani enostavno prekopirajte

  • BioPython (spet, če uporabljate Anacondo ga instalirajte od tam (najprej naredite Update index in ga potem poiščite med paketi, ki so na voljo), sicer ločeno z uporabo pip)

Seznam bo tekom vaj dopolnjen.

V01: Uvod, PubMed in BioPython#

Potrebujete: spletni brskalnik.

  1. Uvod:

  2. PubMed (zbirka bibliografskih podatkov):

  3. Uvod v uporabo BioPythona za analizo nukleotidnega zaporedja:

V02: GenBank#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

GenBank (zbirka nukleotidnih zaporedij):

V03: UniProt#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

UniProt (zbirka aminokislinskih zaporedij):

V04: Poravnave (1. del)#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

  1. Točkovni diagram (dotplot):

  2. Matrike zamenjav (substitution matrices):

V05: Poravnave (2. del)#

Potrebujete: spletni brskalnik, Python 3, JupyterLab ali katero drugo razvojno okolje, BioPython.

Globalna in lokalna poravnava dveh zaporedij:

V06: Iskanje podobnih zaporedij#

Potrebujete: spletni brskalnik.

Iskanje podobnih zaporedij s programom BLAST

V07: Poravnave več zaporedij#

Potrebujete: spletni brskalnik.

Poravnave več zaporedij

V08: Grafi#

Potrebujete: spletni brskalnik, program Cytoscape (+ vtičniki, ki jih bomo namestili na vajah)

Teorija grafov v molekularni biologiji

V09: Strukturna bioinformatika#

Potrebujete: spletni brskalnik, program UCSF Chimera

Analiza struktur in modeliranje

Contents