# S3-02

- **Datum izdelave**: 2026-05-13
- **Koda seminarja**: S3-02

## Lov na zaklad (s proteini)

-   Vaš kolega vas je izzval na proteinski lov na zaklad. Ker vam je želel nalogo olajšati, vam je podal začetno DNA sekvenco, ki kodira neznan protein. Navodila so bila sledeča:  
1. Iz podanega nukleotidnega zaporedja določite, koliko aminokislinskih ostankov zapisuje zaporedje (celotno zaporedje je tudi kodirajoče zaporedje).  
```
ATGTCAAGAAAGACCTGGTATGCTAAGCAACTTAAGATGGCTTATAAGAGGAGAATGCAGATGATCCAGT
CTGATGAACTCTATAGCTGTCTAGAAATTGAAGAACCGACAGTACCATTGACAGCAGCAAATATGATGAT
AGAGCCTGATAAGTTTGACGATCTAGAGATAGCAATTCCGTCAACATCAACAACAAGCTATCCACTGTCA
CGATCCACGATGTTACACAGAAAGCTTCAAGATGCTGTCCAAAATGAAGACAGAATGAACGAGTGCAATG
GATACGACGACAGTCAACAGATTATAGAATCAGTTCCATCAACATCAACTGCAATCCATTCGGATTCGTA
TCAATCCCTCGTTCAAGAGAAAAAGTCGTTGAAATTTGAAATAGATAACATAGGAAAAGTTATGACATGT
TGTAAAACTGCTGTTAATCGCTGGCTATCTGTTTTAGATGAAGAATTTCCTGAAAAAGAGTATTTACAAG
AATATGAGGAAGGAGCTGATAAACTACATGAATTGCAATGTATAGAAATAGAACTTGAAAGTAAACAGGA
AAAAATAGAGGAATTGGAGAAATTAAGAAAAAAAGCTGAAGAAGCTAAGAAGAAGAAAAAGATATCTATA
TTAATGATACACCTCCCAAATAGTCAATATACCACTATAGAGGTAAAGGAAGGACTTACTTTAAGGAACG
CAGTATCAAAAGCTATGGAACGTCGGCAATTGATTTTGGATGACTGTGCAGCTTATATTAAGCAACGTAT
GACATATTTTATTTCTTGGGATACAGACATATCAACTTTGCCGTGTAAGGAAGTGTTTGTGGAGTATCTG
GAAACATTTCCTGTTCCAGTTTTTTGGACTCATAATTTTGCGGGTACCAAAGTTTTGTTAGGTTACTGTT
ATGTTTGTGGAAAGAGTGTTCTTTATGGATTTATCTGCAAAGCATGTAATAGAAAATTTCATACAAAATG
TGTAAGTTATGCGTCTCTACTCTGTGAACATATACGAAGACGAACAGCTTATTATGAAAGATTATTGGCT
AATAATCCAGCTACAGGAATTATTCAAATTCCACCAGTACCCGTACCGAGTATTAGTTCAAGGAGGCGAA
TTAAAAAACCTGCTCAGGACACTGAACCAACAACAATTGATAAGACCACTCAAGTCACTACAAGAACAAA
ATTTTTACGATATCCTAGAAGAAACAAAAGACATCAAAAATCAAAGGACCAAGATGATTCATGTGCTGAT
GATACAGAATCTGAAGATAGTATTTTCAGTCAAGATTCAATAAGAGATTTTAAAATTGTAGCGGAAGAAA
TCACATACGAAGACGATGACGAAAAGGGGAAGGGAACTTACGGAACTGTGTATAAAGCTGATTGGTATGG
ACCTGTGGCCGTGAAAAGACTTAATATTGAAGTTCCTACAGAACTAGAAATAGAAATGTTTAAAAATGAA
GTGAATGTTTTACGTAAAATTCGGCATATGCATGTGTTATCATTTATGGCTTGTATTGTTAAACCTTATT
TAGCAATTATTACGCAATGGTGTGAAGGAAACTCTTTATATCATCGTCTGCATGTCGCGGAGGACGAATT
AGAAATGATTACAATTGTGATAATTCTTAAACAAATTTCAGAGGGCATGGACTATTTACATGCCCGAAAT
ATTCATCATCGGGATTTAAAAAGTAAGAATATTTTTTTTCATAATGGACTTCACGTGAAGATTGGTGACT
TTGGCCTTGCAGTAATGAAGAGTCGACAACCGAGGAATAATAGAAGGGATGAACTGGATGAAAGGGACGA
AAGGGATGAAAGGGACGAAAATGACGAAAACGATGAAAAGGATGAAGAGATTGAAAAGGGTAAAAAGAAT
AAAAAGGTAGGCACTGATGACAAGATTAAAAAGACTAAAAGGACTACTACAAAAACTAAAAAAGAGTTAG
AAGAAGAGTTAGAGAACCAGCTAGCTGGTTCCGTTCGTTGGATGGCTCCAGAAGTTTTAAGGTTTAAAGA
AGACTATCCATATAGTTTTCAATCTGACGTGTATGCATTTGGCATAGTAATGTATGAATTATTTGCTCGT
GATTTACCGTATGGTTATAAAACTGATAAACTGTTTATTTTATATAATGTAGGACGTGGCGGTTTAAAAC
CCGACGATAAAAAAATACGTTCTGATACACCTAAAAAACTCGTAAAACTTTACAATCAATGCATCGAGTT
TGAGAAAGAGAAGCGACCATTGTTTCCCTATATTTTAAGGCAAGTGTACCATGTTTTCAAGGCTACACCG
AAAATAAGAAGAACGACTTCTTTACCATTAAAGACTGACGTGTTAGCAGATACCTATATTGAACGAGCTG
ATGATGTTCAAGACTTTCTCACATCTGACGCTGACGATTATGATGACGAAAAAGCTGATATCGACGCTAA
CATTAATGCAAATCGATTGGTCACGTAG
```
2. Identificiraj protein ter ugotovi kateri aminokislinski ostanek moraš zamenjati s katerim ostankom, da protein izgubi aktivnost, vendar ohrani svojo stabilnost. Aminokislinski ostanek/ke napiši z enočrkovno oznako ter s tričrkovno oznako.
3. Najdi človeški ortolog tega proteina. Kaj mora vsebovati raztopina, da bo človeški ortolog stabilen?
4. Človeški ortolog z uporabo EMBOSS Dotmatcher primerjaj s človeškim MAPK6. Prikaži dobljen graf. Kje sta si proteina podobna? Odgovor pojasni.
5. Napiši dostopno GenBank dostopno kodo gena za X1 različico proteina polarnega medveda (Ursus maritimus), ki vsebuj zaporedje med 20 in 316 aminokislinskim ostankom človeškega MAPK6.
6. Z uporabu SWISS-MODEL naredi model te X1 različice proteina ter v ChimeraX naredite superpozicijo tega proteina s človeškim MAPK6 (X1 naj bo temno modre barve, človeški MAPK6 pa svetlo modre barve). Objavi sejo v ChimeraX ter datoteko s proteinom v pdb formatu.